十二生肖的起源与动物崇拜有关。据湖北云梦睡虎地和甘肃天水放马滩出土的秦简可知，先秦时期即有比较完整的生肖系统存在。最早记载与现代相同的十二生肖的传世文献是东汉王充的《论衡》
关于它的形成很多多说法，但最可能的就是图腾说。
原始社会的先民常用某种动物、无生物或自然现象的图形作为本氏族的保护神和标志，即图腾。《山海经》诸如人和野兽的混合形象形象就是远古各地的图腾神。 夏族的图腾是熊或鱼，商族的图腾是玄鸟，周族的图腾则有龙、鸟、龟、犬、虎诸说。十二生肖除龙为虚幻之物，其余皆是日常可见。其中可分两类，即“六畜”（马牛羊鸡狗猪）和“六兽”（鼠虎兔龙蛇猴），前者是人们为了经济目的而驯养，后者则一定程度骚扰人类生活，先民对其心生畏惧的动物。 因此这些动物被作为本氏族的名号标记来崇拜。
民族学者刘尧汉从彝族的图腾遗迹，反推“十二兽历”的来源，桂西彝和毛道彝的十二兽历法将人与纪历十二兽同列，“是原始人人兽不分的思想意识在现实的遗留”。彝族仍用十二兽历纪日并用于集市之名（如虎街、兔街）。《史记·五帝本纪》记述黄帝“教熊罴貔貅躯虎，以与炎帝战于阪泉之野”，文中所言是各部落图腾，绝非真有降龙伏虎本领。十二生肖来源于原始社会的图腾崇拜，成令人信服的学说。
