1、征收方式的不一样：
个体户工商户：定期定额交税。小微企业：查账征收。
2、税种不一样：
个体工商户缴纳的是个人所得税；小微企业缴纳的是企业所得税。
3、税收的优惠不同：
小微企业享受企业所得税税收优惠。按照财税2017年43号文的规定：自2017年1月1日至2019年12月31日，将小型微利企业的年应纳税所得额上限由30万元提高至50万元，对年应纳税所得额低于50万元（含50万元）的小型微利企业，其所得减按50%计入应纳税所得额，按20%的税率缴纳企业所得税。
个体工商户则没有优惠。
参考资料：
