每一个养殖池塘都是一个相对独立的生态系统，各类微生物菌群是生态系统中重要的组成部分。
由于每个池塘的条件不尽相同，所以其微生物菌群也各部相同：有的池塘由于条件优越，其微生物菌群以大量的有益微菌为主，有害菌（如弧菌）不能形成优势，这样的池塘养殖成功率相对较高。而有的池塘过多的投没发酵好的粪肥让有害菌占主导地位，如不对其改造则养殖的成功率很低。
建议用EM菌（含光合细菌），把畜禽粪便、农作物秸杆(如麦秆、稻草、玉米秆、花生壳等)生产成为鱼生物饲料，不但养殖效益显着提高，而且饲料成本还大幅降低。
光合细菌能产生多种促长因子、促免疫因子、辅酶Q等，促进幼体生长发育，在水产养殖上有如下作用：
1、减少水体中有毒、有害物质的含量，消除死鱼现象。
2、增加水体含氧量，减少或消除鱼的浮头现象。
3、减少开增氧机时间，减少换水，节电省工，生产成本显着降低。
4、特别显着地提高幼鱼苗和成虾的成活率。
5、消除鱼虾因细菌引起的皮肤病，使鱼虾外观健壮。
6、显着增加鱼的食量，迅速增重，进而提高产量。
利用畜禽粪便、农作物秸秆等生产鱼生物饲料，其营养成分比玉米还要高，综合营养好，并且由于体积大，比重小，在水中的悬浮时间长达1小时左右，是鱼虾较理想的饲料。
