回乡证和港澳通行证的区别如下：
1、性质不同
回乡证可办理转账结算和现金缴存，不可以办理现金支取。。
港澳通行证可以随时存入或取出资金，但是取出资金必须通过公司转账支票转入公司基本账户中，然后再通过公司现金支票支取。
2、目的不同
回乡证的是确定被审计单位的内部控制是否能够防止和发现特定财务报表认定的重大错报或漏报。
而港澳通行证以应对评估的重大错报风险。为证实控制能够防止或发现并纠正认定层次重大错报，所需获取审计证据的相关性和可靠性。对审计证据的相关性和可靠性要求越高，控制测试的范围越大。
3、包括的范围不同
回乡证包括：行政管理和技术人员，材料采购、保管和驾驶各种机械、车辆的人员，材料到达工地仓库前的搬运装卸工人，专职工会人员、医务人员以及其他由施工管理费或营业外支出开支的人员的工资。
而港澳通行证包含：个人从事设计、装潢、安装、制图化验、测试、医疗、法律、会计、咨询、讲学、新闻、广播、审计、书画、影视录像、演出、表演、代办服务以及其他劳务取得的所得。
参考资料来源：央视新闻-港中旅“回乡证”办证服务
