区别如下：
区别一、专业型硕士考的试卷306西医综合科目，学术型专业硕士考的是699科目。
区别二、306西医综合是国家统一大纲，统一命题，也就是说全国都是一样的卷子，就和政治一样的是全国统考的。699科目是学校自己命题，自己的大纲，每个学校根据自己的大纲进行命题，每个学校的试卷是不一样的。
区别三、临床考试内容不一样。306西医综合临床考试内容为内科和外科两门。699临床考试内容为诊断学和外科学总论两门课程。
区别四：产生时间不一样。2016考研及之前是研究生入学考试（西医）的一门必考科目，在2007年以前，满分是150分。2007年以后，满分改为300分、题目为180道。
2017考研后专硕学硕一分为二：306临床医学综合能力与699联考西医综合（全国医科大学研究生院联盟内部分学校采用），其余学校为自主命题
