一、知识产权
1、申报的知识产权类型、获取时间不符合要求。
2、申报的专利暂未获得授权，仅处于受理中。
3、专利仅有授权通知书，无缴费单据，无法证明专利权处于法律保护状态。
4、非自有专利未办理转让手续。
5、转让的专利无原专利证书复印件或国家知识产权局出具的所有权转让证明，无法判断原专利获取时间和所有权人。
二、研发费用
1、研发费用核算不清、辅助账不完整、不规范或暂未建立。需按《工作指引》相关要求编制研发费用辅助账，归集研发费用。
2、研发费用真实性存疑，研发费大于管理费或占比过高。
3、研发费归集不合理，如研发人员人员年均费用远低于一般人员水平，直接投入占研发费总额的比例过高，不同研发项目支出金额、结构完全一样。
4、委托外部研发的支出全额计入研发费，未按80%计入研发费。
5、研发费用中其他费用占比超过20%。
6、研发费用明细表和研发项目(RD)表不一致。
7、委托外部研发支出与附件材料产学研合作协议所列不一致，如某研发项目为产学研合作项目，但该项目研发结构明细表中无委托外部研发支出。
8、研发项目无证明材料，项目立项报告千篇一律，临时拼凑。
三、高新技术产品收入
1、高新技术产品收入核算不清，归集不规范。如总收入核算不准确，投资收益或营业外收入未计入总收入。
2、高新技术产品不属于领域目录范围。
3、主要高新技术产品无知识产权关联，或相关知识产权未授权，不在有效期。
四、科技成果转化
1、无科技成果转化汇总表，无法判断成果项数。
2、科技成果转化附件材料混乱、装订无序，与成果转化汇总表中所列不一致。
3、科技成果转化证明材料单一，仅有转化效果证明材料，如销售合同、发票，样品图片等，无科技成果技术证明材料。
五、科技人员
1、科技人员材料简单，格式不规范，不符合要求，如无花名册、名册中无法判断是否为科技人员。
2、人员数据申请书和附件材料不一致。
3、花名册中科技人员占比不达标。
六、组织管理水平
1、组织管理水平材料混乱，未针对评价标准逐项提供。
2、证明材料单一，多数为制度或文件，无执行情况。如研发奖励仅有制度，无落实情况。
七、财务会计报告
1、财务会计报告不完整，仅提供正文和会计报表，无附注。
2、会计报表中各年度数据不一致，且无差异情况说明。如2015年报表中上年数据与2014年报表中期末数据不一致。
3、会计报表附注披露的管理费科目明细中无研发费用数据，或披露的研发费用数据与专项审计报告中研发费用数据不一致，差异较大。
4、含子公司的企业会计报表为公司合并报表，含子公司数据。
八、专项审计报告
1、专项审计报告不完整，无编制说明。
2、专项审计报告所附表格不规范，未按规定的样式列示。如未分年度、分项目列示、所附表格单位为元，按要求应为万元，保留两位小数。
3、专项审计报告中计算研发费占比，高新技术产品收入占比时，销售收入、总收入口径错误，销售收入应为主营业务收入和其他业务收入之和，总收入是收入总额减去不征税收入。
4、专项审计报告中研发项目支出与申报材料中所附研发费辅助明细账不一致。
5、财务报表数据、税务系统中报税数据、专项审计报告数据，三者不一致，差异较大。
