1、乡产权房只具备普通商品房的使用性质，不具备普通商品房的法律性质。所以购房者的购房合同在法律看，属于无效合同。
2、如果遇到国家征地拆迁，由于乡产权房没有国家认可的合法产权，购房人实际只拥有房屋的永久使用权，所以其拆迁补偿要比普通商品房低很多。
3、由于乡产权房没有在房管部门备案，不在政府机构对商品房的统一管理范围内，这样在使用房屋的过程中，如果遇到一些房屋质量问题、公共设施维护问题，无法有效维护权利。
4、开发资金和建筑质量一般是需要银行和政府进行监管的，而乡产权房在这方面比较薄弱，几乎没有得力的监管机构，主要依靠开发商自律进行开发建设。
5、房地产市场整顿风险。因为乡产权房不属于商品房，而农村宅基地按照法律规定，宅基地上面的住房不允许向城市居民出售，宅基地由村集体享有土地所有权，村民享有使用权、继承权，但是不能转卖。以新农村名义建设的住宅除了村民自住的部分，流向城市居民的部分还没有明确的处置和管理办法。
