重庆市中医院即重庆市中医研究院，是在市委市府的关心支持下，由原重庆市中医研究所和重庆市中医院新近合并组建而成的我市唯一的三级甲等中医院，是全市最大的集医疗、科研、制剂、教学、信息研究为一体的中医药临床医疗科研中心，是卫生部审定的高等医学教育临床教学实习基地、国家中医管理局全国中医急症培训中心，承办有国家级杂志《中国中医急症》，是重庆市中医药学会和重庆市针灸学会挂靠单位。
追溯历史，重庆市中医院是一家跨越三个世纪、具有107年悠久历史的知名医院。合并前的重庆中医研究所，前身是1902年法国方济各．玛利亚修女会创建的仁爱堂医院，后与1943年成立的陪都中医院、1945年成立的劳福医院合并，于1955年经重庆市政府批准成立重庆市第一中医院，1966年经国家科委批准建为重庆市中医研究所。原重庆市中医院前身是1896年英国人创办的仁济医院，1950年政府接管成立重庆第三人民医院，1955年组建为重庆市第二中医院，1985年经市政府批准改名为重庆市中医院。历史的脚步跨入了二十一世纪，新时期的人们对医疗保健提出了更高的要求，为了满足人工智能群众不断增长的健康保健的需要，更好地继承和发扬祖国医学，实现把我市建设成为长江上游医学中心的宏伟目标，市政府在《关于进一步发展中医事业的决定》中，做出了将重庆市中医研究所和原重庆市中医院合并组建新的重庆市中医院、重庆市中医研究院的决策。从此，一个强强联合、优势互补、资源共享的崭新的重庆市中医院（重庆市中医研究院）为我市中医事业的发展翻开了新的一页。
重点学科是皮肤科，它始建于1934年，历史悠久，规模庞大，是国家中医药管理局重点建设学科、重点建设专科和重点研究室、重庆市首批医学重点学科。卫生部化妆品皮肤病诊断机构、卫生部化妆品人体安全性与功效检验机构、重庆市皮肤病研究所、重庆市性病监测中心、重庆市中西医结合皮肤病防治中心均设在该科。目前正在建设西部地区中西医结合皮肤科医生培训基地。
