1.器官移植：HLA配型能改善移植物的存活率。供体和受体的HLA-A，B.DR完全相同者的存活率显然高于不同者。在尸肾移植中，HLA-DR配型效果更甚于HLA-A，B配型。HLA配型的作用可以归钠为：①在肾移植中，供受双方共有的DR抗原越多，或已检查出的DR错配抗原数越少，移植存活率就越高；②在移植前输血的患者中，DR配型能提高存活率；③骨髓移植前不宜输血，以防止受体被免疫。且高并因经过射线或药物处理，供受双方HLA型相合比ABO血型相合更为重要。
其它如心、肝、肺等器官的移植，多用于生命垂危的患者，脏器来源稀少，可供选掺的器官有限，实际很难达到HLA配型相同，主要要求ABO血型相同。
自身骨髓移植虽不存在HLA配型问题，但只能用于白血病、肿瘤等，而不适用于原发性骨髓功能不全的疾病，如再生性障碍性贫血等。
2.输血：为了全理使用血液，现在提倡成分输血疗法，命名如输入血小板、白细胞等，血液制品，如HLA同型血液，当能提高疗效戚指迹。因皮血站应建立在有关献血员的HLA信息系统，以便于查询应用。
临床输血的发热反应中，有些是由HLA抗体引起的，尤其是多次输血的患者，HLA抗体可以破坏白细胞，为避免HLA引起输血反应，可在输血前帮做交叉淋巴细胞毒试验。
3.亲子鉴定：HLA是至今所知人灯最复杂的一个遗传多态性系统。如前所述其表型之多难计数逗段，这个特点是其客观存在，其它血型系统难与相比。因此由于HLA系统的高度多态性；新生儿出生时HLA抗原就忆完整表达；以及HLA的遗传规律已阐明等原因，而使其成为亲子鉴定中的一个有力工具，能肯定某些亲子关系。这在法医学中具有重在意义。
4、疾病的诊断：经过多年研究调查，发现许多疾病与HLA有关，例如我国的强直性脊椎炎患者中，91%带有B27抗原者只占6.6%因此检查B27抗原诊断意义。不过大多数疾病的HLA分型意义有限。
