一般是没有问题的，现在大部分房产证都是在业主自己手里，只是抵押贷款的房产证都会有他项权利被抵押的相关说明，以后贷款还清楚了，银行也会取消他项权抵押的相关手续，发放还清证明的凭据。
法律分析
房产抵押指房屋产权所有人以房契作为抵押，从而取得借款并按期付息的贷款方式。房屋产权仍由产权所有者自行管理，债权人只按期取息，而无使用管理房屋的权利，待借款还清，产权人收回房契抵押即告终结。如债务人不能履行债务，则债权人有权依法处分抵押房屋，并在处分抵押房屋所得价款中优先受偿。提供抵押房屋的当事人称为房屋抵押人，接受抵押房屋的原债权人称为房屋抵押权人。房屋抵押是原债权债务关系的担保，原债权债务关系是主合同，房屋抵押是从合同，它以原主合同的合法有效存在为前提条件，本身不能独立存在。抵押的房屋可以由抵押权人保管，也可以由抵押人保管，通常情况下由抵押人保管。保管人应谨慎保养所抵押房屋。负有清偿债务义务的一方不履行义务时，房屋抵押人可以直接行使房屋抵押权，不依靠债务人的行为即可实现其权利。抵押物须是房屋，房屋抵押人可以是债务人，也可以是第三人，抵押人必须对抵押的房屋拥有所有权，如果抵押房屋是国有房屋，则抵押人必须对该抵押房屋享有处分权。房屋抵押权的设定，一般采用书面形式，并应明确规定担保的范围。房屋抵押人将房屋抵押后，并不丧失房屋的所有权，因此，抵押人应自己承担房屋意外灭失的风险。房屋抵押权是一种担保物权。如果房屋抵押人未经房屋抵押权人同意，将抵押房屋转给第三人时，房屋抵押权人对抵押的房屋享有追索权，房屋受让人因此受到的损失，由房屋抵押人承担。
法律依据
《中华人民共和国城市房地产管理法》 第四十七条 房地产抵押，是指抵押人以其合法的房地产以不转移占有的方式向抵押权人提供债务履行担保的行为。债务人不履行债务时，抵押权人有权依法以抵押的房地产拍卖所得的价款优先受偿。
第四十八条 依法取得的房屋所有权连同该房屋占用范围内的土地使用权，可以设定抵押权。以出让方式取得的土地使用权，可以设定抵押权。
