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日本和中国一样，朱鹮都是国宝级动物，历来被日本皇室视为圣鸟。朱鹮的拉丁学名“Nipponia Nippon”直译为“日本的日本”，以国名命名鸟名，足见朱鹮对于这个国家的重要性。更有古代《日本书记》中记载，朱鹮是代表日本的鸟类。1952年日本将朱鹮定为“特别天然纪念物”1981年初将野外残存的5只全部捕获进行人工饲养，但全部失去繁殖能力。最后一只人工饲养朱鹮也于2003年10月死亡。自此日本原产的朱鹮已经全部灭绝了，现有朱鹮都是中国赠送的，日本人很珍视这些家伙
新干线中有一列车就叫「Maxとき」（朱鹮号）
还有一种濒临绝灭的海鸦在日本只有在北海道的观音崎（天卖岛）才能看到
