1、评选部门不同
国家工程研究中心是由国家发改委负责评选，是国家发展和改革委员会组织具有较强研究开发和综合实力的高校、科研机构和企业等建设的研究开发实体，是国家创新体系的重要组成部分。
国家工程技术研究中心是由国家科技部负责评选，是国家科技部根据国情需要，统筹规划，统一安排，作为国家研究开发条件能力建设的重要内容。工程技术研究中心多以高效、科研院所为主。
2、中心职能不同
国家工程研究中心的中心职能是：
（1）根据国民经济、社会发展和市场需要，针对行业、领域发展中的重大关键性、基础性和共性技术问题，持续不断地将具有重要应用前景的科研成果进行系统化、配套化和工程化研究开发，为适合企业规模生产提供成熟配套的技术工艺和技术装备，并不断地推出具有高增值效益的系列新产品，推动相关行业、领域的科技进步和新兴产业的发展。
（2）培训行业或领域需要的高质量工程技术人员和工程管理人员。同时，结合国外智力引进工作，在工程技术研究开发方面全方位地开展国际合作与交流。
（3）实行开放服务，接受国家、行业或部门、地方，以及企业、科研机构和高等院校等单位委托的工程技术研究，设计和试验任务，并为其供技术咨询服务。
（4）运用其工程化研究开发和设计优势，积极开展国外引进技术的消化、吸收与创新，成为企业吸收国外先进技术、提高产品质量的技术依托。
国家工程技术研究中心的中心职能是：
（1）根据国家和产业发展的需求，研究开发产业技术进步和结构调整急需的关键共性技术；
（2）以市场为导向，把握技术发展趋势，开展具有重要市场价值的重大科技成果的工程化和系统集成；
（3）通过市场机制实现技术转移和扩散，持续不断地为规模化生产提供成熟的先进技术、工艺及其技术产品和装备；
（4）通过对引进技术的消化吸收再创新和开展国际合作交流，促进自主创新能力的提高；
（5）提供工程技术验证和咨询服务；
（6）为行业培养工程技术研究与管理的高层次人才。
扩展资料：
国家工程研究中心申报单位应具备以下条件：
（一）符合国家发展改革委发布的工程中心建设领域及相关要求；
（二）具有一批有待工程化开发、拥有自主知识产权和良好市场前景、处于国内领先水平的重大科技成果，具有国内一流水平的研究开发和技术集成能力及相应的人才队伍；
（三）具有以市场为导向，将重大科技成果向规模生产转化的工程化研究验证环境和能力；
（四）具有通过市场机制实现技术转移和扩散，促进科技成果产业化，形成良性循环的自我发展能力；
（五）具有对科技成果产业化进行技术经济分析的能力，条件允许的还应具有工程设计、评估及建设的咨询与服务能力；
（六）原则上采用公司法人形式，确有必要，也可探索其他有效的组织形式；
（七）工程中心董事会（理事会）应包含两名独立董事（理事），独立董事（理事）由相关主管部门选派，一般应由熟悉工程中心所在行业情况的高级技术或管理专家出任；
（八）建立完善的人才激励、知识产权管理等管理制度。
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