三星堆遗址及其出土文物的许多重大学术问题，至今仍是难以破译的千古之谜。虽然专家学者对其中“七大千古之谜”争论不休，但终因无确凿证据而成为悬案。研究三星堆文化是中国考古学，也是中国文化史的一个重要课题。但由于三星堆文化面貌的神奇和文化渊源的扑朔迷离，毁核也为学者的认识和研究带来了巨大困难。
是三星堆祭祀坑内各种奇诡怪异的神像和形象从未见于著录，没有现成的巴蜀文献记载可资对照，至今学者还不得不主要借助于有关中原文化典籍的知识来认识和探索三星堆遗物及其风貌和内涵。
研究和探索三星堆文化的族属和文化渊源，若隐若显，困难重重。由于历史上巴蜀地区文化生态系统的多样性和复杂性，民族源流的多样性和复杂性，特别是长时期的民族交往、民族迁徙与文化振荡，使人们至今对巴蜀内部的民族关系还难于从纷繁中理出头绪。
三星堆文化以遗迹和实物向人们展示了一个前所未有的古蜀城邦体系和森严的古蜀王国体系，但仅凭关于从蚕丛、柏灌、鱼凫到杜宇、开明的蜀王世系的知识，无法为它找到文化学上的坐标定位纤清掘。宝墩文化、三星堆文化和成都十二桥文化的考占发掘，虽然使学者找到了三星堆文化，特别是其青铜文明的上正悔源，看到了它的流向，但其间长达两千年的时空隧道里的某些缺环还是难于填补的。
