在日本国内对于鲸鱼肉的食用也存在着两种声音“喜爱派”与“保守派”。在近20年间日本的一些环境保护民间组织就曾通过披露日本渔村残忍屠杀鲸类的场景，试图阻止对鲸类的猎杀和食用，但是效果并不很见效。然而，当“鲸类体内容易蓄积水银等有害物质”等研究发现公开之后，市场上对海豚、鲸鱼等鲸类肉质的需求受到很大打击。日本厚生劳动生对鲸肉类中水银含量的标准是0.4ppm（毫克每克），但从领航鲸的样本中就曾检测出超标十倍的水银含量。日本厚劳省提出孕妇、儿童等慎用鲸鱼类肉质，在太地町每年都会对居民进行水银的检测。日本各式各样的鲸鱼肉料理即便如此，鲸鱼类肉并没有从饭桌上消失。“喜爱派”认为，从陆地近海捕捉的海豚等或许存在以上问题，但从南极海域捕获的鲸类受污染程度小，体内蓄积的有害物质与其他动物相比要少的多。除此以外最大的原因恐怕还是抵不住鲸鱼肉的美味与营养价值。鲸鱼肉水分多肉质细软，可塑性很强，日本常用的料理方法几乎都可以用来处理鲸鱼肉。另外鲸鱼肉富含蛋白质、不饱和脂肪酸，又是富含铁元素的红色肉，被认为是高蛋白低卡路里的健康食材。日本很多地方都会举办鲸鱼美食节，展示鲸鱼肉料理以及各式各样的加工食品。日本的鲸鱼肉加工品在日本除了一些专营鲸鱼料理的老店之外，在很多餐厅，用鲸鱼肉做的菜品也经常可见。“鲸鱼肉刺身”、“鲸鱼肉寿司卷”、“鲸鱼肉沙拉”、“鲸鱼肉咖喱”等各式各样。利用鲸鱼不同的部位做成的加工品也是很常见的。另外由于鲸鱼肉低脂肪的特点，还被用于医院的配餐，作为食疗的重要食材。为了促进消费，一些学校配餐也会采用鲸鱼肉。在日本，从捕鲸延伸出的餐饮、加工等已经形成了一定规模的产业链。“科研捕鲸”还是“商业捕捉”近年来，日本捕鲸之所以引起人们高度关注，主要是在南太平洋反捕鲸非官方组织曾多次与日本捕鲸船发生冲突。2010年5月31日，澳大利亚政府正式向海牙国际法庭起诉日本，以求阻止后者在南极海的捕鲸行为。今年3月31日联合国海牙国际法院就日本捕鲸案作出判决，认定日本每年在南极海域捕鲸并非出于“科学研究”目的，要求日本停止这一活动。捕鲸案焦点是日本在南极海域捕鲸是否属于1946年《国际捕鲸管制公约》第八条允许的科研行为。澳方认为，日本捕鲸活动是打着科学旗号的商业捕鲸，违反公约规定；日方则辩称捕鲸是“合法的科学研究”。国际法院斯洛伐克籍首席法官彼得托姆卡说，日本在南极海域的科研捕鲸项目没能证明日方需要每年捕猎850头小须鲸、50头长须鲸和50头座头鲸，即便实际捕杀数目没有那么多。而且，日方没有考虑规模小或使用非致命方式的替代项目。对于这一裁决，日本虽然表示接受，但是判决并不适用于其他海域的捕鲸活动。4月3日日本渔业部门一名官员表示日本方面已经决定取消本财年在南极海洋的“科研捕鲸”活动，但计划在其他区域继续这一活动。实质：以“科研”之名谋公海捕捞之实有分析认为，一旦捕鲸活动停止，意味着整个捕鲸产业链上的大量工人面临失业的可能，相关水产公司有可能面临倒闭危险，从而减少日本的财政税收。同时日本一直以所谓“科研”捕鲸为借口，实际上在掩盖其捕捞公海渔业资源的真相。与日本和食精神的背离太地町是日本猎杀海豚最集中的地区，每年9月到次年4月，这里就会成为血腥的屠宰场。对鲸鱼的保护重要原因是源自鲸鱼频临灭绝的现状。据报道，南极的蓝鲸数量已不足原来的1%，西太平洋灰鲸仅剩100头，徘徊在灭绝的边缘，而在南极海域每年都有近1200头鲸鱼被捕杀。除了被捕杀之外，水质污染会使鲸鱼中毒，船只的噪音也会对其产生严重影响，这些都威胁到鲸鱼的生存。2012年3月，日本官方向联合国教科文组织提出“和食”申遗时，重点阐述“和食”不仅是日本料理本身，而且是基于日本人“尊崇自然”的气质，以及与“食”有关的“风俗习惯”。而大肆捕杀鲸类这样“与人类社会种群关系”极强的动物，显然与所谓的“尊崇自然”向背离。今年1月18日，美国驻日本大使卡罗琳肯尼迪曾用英日文发表文章称：“美国政府反对（日本）围追捕杀海豚（鲸类）的捕鱼方式。”她还表示对这种做法的“非人道性”感到非常担忧。
