《奥特曼格斗进化0》主要讲的是在击败了艾雷王之后，在与希波利特星人打斗的时候被套路，玩家被某个装置罩住，能量被吸引。后来回到了奥特之星，奥特之父要求玩家去高格达行星消灭宇宙忍者巴尔坦星人，在一次又一次的干掉一个有一个的巴尔坦星人之后，玩家被派到地球与怪兽们战斗。
拯救了地球之后再次回到了奥特之星，除佐菲或赛文的奥特兄弟会帮助玩家进行特殊训练：每个奥特曼你只要打他三次，他就会把他的精神加给你，以后的每一战你都可以使用。这一次的训练有五次。练完之后，出现奥特之父被变成了青铜头像。接下来玩家佩戴佐菲赐予的奥特变频器在地球煤气公司对战5头巴克西姆，来到游乐园发现艾斯被巴克西姆击倒。之后玩家再次回到了奥特之星，再次训练，开始使用精神，技能上升。
在得知地球有危险之后，跟随其他奥特战士来到地球战斗。你的纸艾斯是暗黑星人巴巴尔星人变的，但是其他奥特战士变成了青铜像，于是玩家跟杰顿对战，最后所有奥特兄弟集合力量奖亚波人跟巴巴尔星人打败了。
