2017年CBA总决赛，周琦上场了。
北京时间2017年3月31日，2016-17赛季CBA总决赛正式打响，新疆最以122-105大胜广东男篮，取得总决赛开门红。周琦20分10篮板4封盖。
北京时间2017年4月2日晚，2016-2017赛季CBA总决赛进入第2场角逐，新疆男篮以103-97战胜广东男篮。这样，新疆队总比分2-0领先。周琦贡献14分11篮板3盖帽2助攻1抢断。
北京时间2017年4月5日晚，2016-2017赛季CBA总决赛展开第3场角逐。新疆男篮以104-91战胜广东男篮。新疆队总比分3-0领先，距离队史上首个CBA总冠军仅差1胜。周琦得到7分7个篮板3次助攻。
北京时间2017年4月7日晚，2016-2017赛季CBA总决赛展开第4场角逐。在东莞，做客的常规赛冠军新疆男篮经过四节较量以117-109战胜广东男篮。这样，新疆队以总比分4-0横扫广东队，队史上首次在CBA封王。周琦贡献18分10篮板2盖帽1助攻1抢断。
