康熙早年的生活就一直笼罩在天花的阴影之下，他出生没有多久，正赶上天花大流行。不得已之下，由其乳母抱出紫禁城，寄住在西华门外的一座宅邸(雍正时改为福佑寺)中“避痘”，可以说长期得不到父母之 爱。两岁那年，他仍然没有躲过痘魔的侵害。好在，有乳母——正白旗汉军包衣曹玺之妻孙氏的悉心照料，康熙硬是从天花的魔掌挣脱出来，只是脸上留下了不甚雅观的点点痕迹。这次与痘魔的“亲密接触亩梁”，给康熙幼小的心灵留下了永远无法消除的阴影。据《圣祖廷训格言》中记载，康熙在其晚年曾说：“联幼年时未经出痘，令保姆护视于紫禁城外，父母膝下未态顷得一日承欢，此联六十年来抱歉之处。”躲过天花的灾难之后，幼年康熙搬回了紫禁城，但天花的阴影仍时时笼罩在他的周围。由于天花连年爆发，深宫中也常常处在人人惶恐的状况之中。如果宫中有人得了水痘，父皇顺治等就会出宫“避痘”。如果城中有水痘病人，四周则用绳子围起来，谁也不准随便接近，即使是集恩宠 于一身的皇子也帆耐陆不得四处走动。童年的活动天地因为天花的肆虐而被禁锢在很小的范围之内，这些惊恐与动荡的灰暗记忆填满了幼年康熙的梦魔。
然而，何其幸运的是：康熙很小就已出过天花，并且有幸存活下来，而且以后永远不用担心再会得上天花。
