HLA抗原可根据不同基因位点的产物和它们的功能加以分类。目前研究较充分的有HLA-A，B，C，D，DR，DQ和DP七个位点。每个位点上均有很多等位基因，为共显性复等位基因。目前已确定 HLA复合体共有1028种等位基因。其中，HLA-A、B、C座位上的基因编码的抗原成分称为 I类抗原。 I类抗原是一种膜糖蛋白，存在于所有有核细胞的膜上，以淋巴细胞上的密度最大。 II类抗原是由 HLA-D、DR、DQ、DP座位基因所编码的抗原。它是由两条糖基化的跨膜多肽链构成，分别称为α链和β链，其抗原特异性主要与β链有关；主要表达在 B细胞、巨噬细胞和其他抗原递呈细胞上。
第一类抗原： HLA-A，HLA-B，HLA-C
第二类抗原： HLA-D，HLA-DR，HLA-DQ，HLA-DP
第三类抗原： C4A，C4B，C2，Bf等补体成分
