根据性质定位和基地现状，将海上田园风光旅游区划分为三大功能分区，即海上田园风光旅游区、水产及农业生态区和海上生态景观区，并根据功能特点确定两大走廊联系各功能分区，即由海上田园风光旅游走廊联系海上生态景观区和海上田园风光区，由水产及农业生态走廊联系水产及农业生态区。
1、海上田园风光旅游区集中了控制区内的主要旅游、观光、度假活动，兼生态农业展示和示范、科研、教育、城市防灾等主要功能，景点紧凑，相对人工构筑物及建筑物较多；
2、水产及农业生态区以基塘水产养殖和塘基种植为主要特征；
3、海上生态景观区，以沿海红树林、滩涂和珠江入海口海景为区内的主要景观特征。
