240多年前，史昂和童虎被教皇从青铜提拔至黄金，以迎接即将发生冥王哈迪斯战争。两个人暗自来到一个叫“极乐净土”的地方，欲在哈迪斯即附身之前先将其肉身毁掉。在此发现一个叫亚伦的善良少年正是其未附身的肉体所在。当两人正在犹豫是否解决其时，一位名叫“天马”的少年突然闪出保护他，竟挥出了天马流星拳，而在交战中，马匹承载的箱子被遗落，竟是一件青铜圣衣。这使童虎深感蹊跷，遂放过二人，并在背后继续观察。片刻后，亚伦周围环绕着阴气，哈迪斯终究苏醒附体，周边尽是冥斗士，天马身处危机，而两黄金上前搭救天马欲改变计划，先返回圣域
一、哈迪斯的复苏
在意大利的一个小镇里，天马与雅典娜的转世萨沙、哈迪斯的转世亚伦在孤儿院愉快的生活着。几年前，射手星座黄金圣斗士希绪费斯将少年雅典娜萨沙接回圣域；几年后，天马也被童虎带到圣域进行修炼，成为一名青铜圣斗士；而亚伦则被复苏的哈迪斯附体，成为了冥王。在冥王复苏之时，白羊座的史昂和天平座的童虎率领其部下白银及青铜圣斗士前往事发地，欲在冥王附身前消除其肉身。但为时已晚，虽然初战时天马击败冥斗士天罪星魔狼的弗列基亚斯，而在哈迪斯的结界下，5名白银圣斗士重伤，2名青铜圣斗士生死未卜，圣斗士兵败撤军。而这2名青铜中的一名正是天马座的天马，而且正是其好友亚伦将其毙命。
二、神秘的女子让叶
圣军撤离小镇后，被落下的青铜独角兽座耶人从废墟中苏醒，发现一旁的天马已经息气，这时闪来一女子，自报为帕米尔军团之人，名为让叶，将其与天马瞬间移动至帕米尔。在高塔中，他们见到帕米尔长老，其用让叶的血侵染独角兽圣衣，帮其将圣衣复生。并告之天马并未死亡，他借助雅典娜儿时送予的手戴花环保住性命，但待花枯萎时，天马的性命也将不保。独角兽座耶人和帕米尔军团的让叶便借助族长老的积尸气冥界波一齐进入冥界寻找天马，并与天马一并奋战击败看管天马的擅用妖面镜的冥斗士天伤星曼陀罗的费多尔。
三、双鱼遭遇米诺斯
在另一方面，圣军撤回后，米诺斯军团进攻圣域，双鱼座黄金圣斗士雅柏菲卡作为前哨，提前出战，用部署的魔宫玫瑰阵和白玫瑰阵将米诺斯军团冥斗士全军瓦解。先后与尼奥比（杀后代金牛）和米诺斯交战，虽在第一回合败于米诺斯的星际傀儡线，但随后在罗得里奥村的战斗中，撇开前来救援的史昂，只身再次与米诺斯抗衡，以白玫瑰附加深红荆棘将其击败，自己也因失血过多身亡。
四、来自帕米尔的使者
正当白羊座打算回宫待守时，突然瞬间移动来一个名叫亚特拉的来自帕米尔的使者，白羊座引领她会见教皇，告之冥斗士的复活能力。雅典娜也为阻止其复活，不让双鱼的死失去意义，将圣域笼罩结界，但结界耗费能量，时间限制，一切还要看天马的冥界破袭战。
五、处女的拦截
天马一行人到达位于第六狱的第三谷和第七狱的第一壕之间的血之大瀑布那里的木栾子树。但瀑布前面盘坐一人，为处女座黄金圣斗士阿释密达。在此阻拦三人，并先后使用天魔降伏、六道轮回和天舞保轮将天马击倒，但凭借信念和坚毅，天马重新站起，向处女奋力一击，当拳击中其胸口时，突然处女消失，而天马的一拳正中在瀑布的木栾子树上。从树上掉落了果实，处女再次显身，言曰其将会用这108颗果实做出佛珠，以破除哈迪斯复活冥斗士的神力。
六、念珠的代价
天马一行三人先后逃出了冥界，返回世间，天马也重新复活。此刻，在高塔外聚集了来取天马性命的冥斗士，而处女及时赶到，清扫了他们的第一波进攻。处女进入高塔以自身血液为天马圣衣修复，之后进入塔顶，用自身的力量制成了驱散魔灵的佛珠，遂哈迪斯的冥斗士复活神力被破除。而天马一行人则在高塔外将前来帕米尔就犯的复活冥斗士最终击毙。
七、金牛的重伤
在另一方面，金牛座黄金圣斗士阿鲁迪巴（本名：哈斯加特）以巨型号角将被双鱼消灭后复活的冥斗士清场，但其手下负责将其余尸体移往雅典娜结界范围内的众白银圣斗士，则被天暴星贝努鸟的辉火全歼。与之苦战，身负重伤，险些丧命。童虎赶到，欲助其力，但遭金牛拒绝。拼劲全力的金牛最终使出超杀技泰坦新星将贝努鸟击败。但最终手下留情，言曰对手不同于其他冥斗士，他本不是邪恶之徒，故放其生路。
八、哈迪斯的挑衅
哈迪斯孤身一人来到圣域将雅典娜的结界攻破，并欲索命雅典娜。作为雅典娜护卫的射手上前护驾，反被自己射出的箭射中胸口，而一旁的金牛则也被封住了行动无法上前。而教皇则用上届女神留下的神符将哈迪斯的能量封住。当众人欲上前捉住冥王时，天空中出现一辆马车，车中坐的正是冥王的姐姐潘多拉。她将冥王救走，并命潜入冥王影子的天弧星贝希莫斯的拜奥雷特显身，拦住欲上前追赶哈迪斯的天马。此刻金牛座赶到，迎击拜奥雷特，而天马则继续追赶冥王，但终被其甩开，而拜奥雷特也趁机撤离。
九、天马的暗杀
冥王回到冥界后，死神与睡神降临，责斥潘多拉看管冥王不严，私自来到圣域。潘多拉于是叫来地阴星无头骑士的丘布和地察星蝙蝠的温柏前去暗杀吸引冥王一次次冲动的天马。温柏用蝙蝠的噩梦声纳将天马及在圣域外清理战场的附近人全部晕睡，丘布则想趁机取掉天马的头。但这时金牛座将耳膜捅破，反身一击将丘布的面罩击碎，但仍然中了蝙蝠的声纳，致使能力大大削减。丘布又使出死亡信者击中金牛，其旧伤撕裂，但在临终前使出泰坦新星，将二人击败。躲在一旁的地奇星青蛙的哲洛斯想坐收渔翁之利，本性难移的他又去脚踢已故而却依然屹立的金牛，此刻路过的贝努鸟鄙视他的行径，将其铲除，并得知此次他们暗杀行径是潘多拉所为，是实为掌管冥斗士之人，冥王只是她所操控之人。
十、前往哈迪斯城
当天马醒来时贝努鸟告之金牛为了救自己而战死，因此天马背负了沉重的负罪感。为了不因自己的原因而迁就更多无辜的人丧命，毅然决定离开圣域，只身前往哈迪斯城去见亚伦。但还未出圣域就被巨蟹座黄金圣斗士马尼戈特抓捕，后被关押在圣域深处的监牢里。独角兽地洞将天马救走，而在洞口旁守候的正是身穿天鹤座白银圣衣的让叶。三人一同赶往哈迪斯城。而帕米尔族长老也前往圣域，劝说教皇与女神放天马前去，并派遣巨蟹在暗中保护天马一行人等。
十一、巨蟹的完胜
在哈迪斯城外覆盖了一片死亡森林，森林中游荡着僵尸和腐蚀甲虫等象征死亡的怪物，守护这片森林的是奉死神达拿都斯之命的天究星纳苏的维罗妮卡。他将三人分开，欲各个击破。擅长召唤僵尸和腐物的他，利用幻觉梦境和死亡怪物令三人意志动摇，但终未成功。三人汇合，当众僵尸齐涌上来之时，巨蟹座现身，招去僵尸灵魂，迎战天究星。用磷气珠破解了对方的苍蝇阵，又以巨蟹钳杀将齐斩为两段。但死神之前授予其不死之身，随即复活。他使出可是万物腐烂的埋葬堡垒，巨蟹则用积尸气冥界波将其灵魂打入冥界，随后进入冥界以积尸气鬼苍焰摧毁其魂魄。与此同时，哈迪斯城外的第一道结界也宣布告破。
十二、师徒的功劳
巨蟹顺势摸到死神与睡神的宫邸，单挑死神。但实力差距悬殊，在千钧一发之际，其师即教皇赛齐赶到。教皇使用前次限制冥王力量的守护符之牢笼欲牵制死神，但被死神破解。之后师徒二人齐力先后轮流使用积尸气冥界波，将死神灵魂与肉体相离，巨蟹抓住独有肉体之时的死神，与其一同进入异次元空间而被撕裂。空有灵魂而无实体的死神恼羞成怒，欲强行霸占教皇的身体。但殊不知教皇身穿其兄帕米尔族长老白礼的祭坛座圣衣，有护体功能，将死神弹出，顷刻间打开圣柜，用自己的生命换取死神入柜。之后圣柜传送到圣域雅典娜手中，而巨蟹的灵魂也将教皇的袍服送至圣域之后消亡。
十三、山羊的英勇
山羊座黄金圣斗士艾尔熙德随巨蟹后，也来到了哈迪斯城附近，与巨蟹暗中保护天马安全的任务不同，他则背负着找寻射手座被睡神封印的灵魂的任务。继而先斩断天退星玄武的格雷高的冥斗士。后又遇司掌梦境的诸神——司掌神谕的梦神奥涅伊洛斯、司掌恐怖症的幻梦伊刻罗斯、司掌非现实的假像者幻塔索斯、司掌王和英雄的梦境的造形者墨菲斯。交战中，由于伊刻罗斯可控制时空交错，自身发出的圣剑将自身的右臂斩断。在山羊倒下的一刻，假像者拿走了被砍断的手臂，四神徜徉而去。他们找到天马一行3人，将其分别带入梦境，而进入假像者梦境的独角兽与天鹤被奋力劈开梦境而赶来的山羊救下，并将假像者斩断。而另一方面，由造形者看管的天马也由雅典娜从梦中唤醒。伊刻罗斯前来斩草除根，再遇该神的山羊用断臂的鲜血洒染自身的周边，摆出血之阵，以血迹的走形分辨空间的扭曲形状，以此找寻伊刻罗斯的方位，终将其击倒。
十四、梦神的破解
而另一方面，被唤醒的天马在与造形者的交战中再度进入梦境，但也是这次梦境，将他的神圣衣唤醒，在梦境中击倒对手。当山羊赶到天马旁在睡梦之门前欲一齐寻找射手时，梦神出现了，并将其他三位已逝的神灵召唤至此，四合唯一，变成强大的神体。而此刻，雅典娜也赶到梦境，前往射手沉睡之门将其唤醒。两位圣斗士则在门外奋力抵挡梦神，二人合力打碎梦境，并给予梦神致命合击，将其从空间裂缝中击出梦界，回到了现实世界中。此刻，独角兽与天鹤赶到援助天马与山羊，远在圣域的射手也借助雅典娜的力量连射三箭锁住梦神体内三神，而山羊则抓住时机用圣剑将自己与四为一体的梦神一同毁灭。
十五、长老的终战（至92话）
在梦神被破的一刻，也是哈迪斯第二道结界（梦界）被破之时，当前仅剩下一道结界。于是，圣域全军通过帕米尔高原的使者亚特拉的瞬间移动功能到达了哈迪斯城的结界之外，静候攻城指令。而刚刚替殉职弟弟穿上教皇袍的帕米尔族长老则只身前往哈迪斯城摧毁最后一道结界。当进入大厅欲把雅典娜所赐之剑插入诅咒区时，睡神出现了。而其一同带来的是偷偷紧随长老潜入城内却被睡神所捉的徒弟史昂和让叶。族长老发出积尸气转灵波，利用上代已故圣斗士的灵魂力量将睡神封印到圣柜。在其即将把剑插入诅咒区的一刻倒下了，而杀死他的就是赶来的哈迪斯。
十六、天空的TheLostCanvas
在史昂即将面临哈迪斯的死亡之时，童虎带着天马及时赶到。在童虎的掩护下，天马成功干扰了哈迪斯的意志，进而使史昂等人全身而退。但童虎却被哈迪斯留在了哈迪斯城，生死未卜。哈迪斯见结界已破，于是将哈迪斯城转移到了天空，形成TheLostCanvas。
十七、二人的布鲁格勒德之行
水瓶座的迪歇尔受雅典娜的命令，与天蝎座的卡路狄亚一同前往位于东西伯利亚的布鲁格勒德，去寻找被先代雅典娜所封印的海皇波塞冬，欲凭借他的能力使圣军抵达天空之城TheLostCanvas。于此同时，天马也被送到孤岛，接受鬼的魔鬼训练，帮助其进一步领悟第七感。两位黄金到达布鲁格勒德后，在当地统治者加西亚（冰斗士的首领）的儿子尤尼提的指引下，揭开了封印，来到了波塞冬的海底宫殿亚特兰蒂斯。但领路人尤尼提在刚踏入神殿之时，就被赶来的冥界三巨头之一的拉达曼提斯干掉。与他一同而来的潘多拉欲劝说海皇以阻挠两神联合而率先进入神殿。
十八、与拉达的对决
由于挚友身亡，水瓶愤怒至极，向拉达发起猛攻，但由于过于愤怒，以至于招数过于慌乱，被拉达击倒。天蝎拦下水瓶，只身对战拉达，而水瓶则先行一步，欲赶在潘多拉之前到达神殿。在先战不利的情况下，天蝎使出了猩红毒针的前12针，在即将用出最后一针致命的安达里士时，右手发招的食指被拉达握住，用灰暗警告冲击波将手指撕裂。但同时，天蝎又用左手发出最后一针，用右手的幌子骗过了对手，使他的心脏停止了跳动。可由于猩红毒针是由心脏灼热产生的能量，在原先就有旧创的情况下过于燃烧，致使自己的心脏最终也停止了跳动。
十九、波塞冬神殿的相遇
水瓶赶到神殿后，见到潘多拉衣冠不整地倒在地上。而前方股强大小宇宙的中心，则浮现出一女子形象，这人正是尤尼提的姐姐瑟拉斐娜小姐。海皇波塞冬将自己的灵魂附身于她的身上。而此刻出现一名海斗士海龙将军，欲以海皇复活并支配大地为交换条件帮助雅典娜破除哈迪斯的神力。而此刻的海龙正式被海皇复活的刚刚逝去的尤尼提。原来在多年前尤尼提就被海皇选为海斗士，而他也欲借助海皇的力量将布鲁格勒德的统治扩充到全世界。遂杀死了亲生父亲继而即位领主，令姐姐为海皇人类肉身，并引领圣斗士与冥斗士交锋，从中渔翁得力。
二十、奥利哈尔刚的争夺战
尤尼提手持被雅典娜封印的海皇神壶和具有海皇神力的魔球——奥利哈尔刚，欲借助身为雅典娜圣斗士的水瓶座黄金圣斗士的力量打开封印神壶，将珊瑚缠住水瓶，欲借助身为雅典娜圣斗士的水瓶座黄金圣斗士的力量打开封印宝瓶。经过几番激战与交谈，尤尼提被水瓶唤醒良知，决定将奥利哈尔刚交给他。但正当这时，潘多拉突然现身，将其破坏。而此刻由于奥利哈尔刚的损害，致使波塞冬神殿开始坍塌，为了让尤尼提将奥利哈尔刚安全送到圣域，水瓶座的迪歇尔将海底冰封，使自己与神殿冻为一体，葬身于海底。
二十一、圣舰的复苏
在海皇神殿行动的同时，修复用于通往TheLostCanvas的古老圣舰的任务也在进行着。在喜马拉雅的帕米尔，狮子座黄金圣斗士雷古鲁斯将冰封的圣舰解冻，青铜圣斗士进行修复与护养。而此时，三巨头之一的艾亚哥斯带着宠臣女冥斗士天孤星贝希摩斯的拜奥雷特也赶来欲摧毁圣舰。狮子以惊人的模仿力将天孤星以彼之道还施彼身，将其击败，而自己也最终不敌随后的艾亚哥斯。于此同时，射手、天马、独角兽和天鹤四人也赶到船体，青铜五小弱以自身的生命最终唤起了圣舰的苏醒，并由独角兽掌舵，射手护舰，朝着艾亚哥斯的冥船迎击。
二十二、最后的巨头
圣舰终于与冥船针锋相对了，领头战士分别为射手座和天雄星。天雄欲先摧毁圣舰，驶船撞舰，射手以身躯抗住了敌船，并（用光电离子）将敌船搪开。于是天雄由功船改为击人。射手为了破解天雄的宇宙大幻觉，而弄瞎双眼从而激发第八感，将天雄击败。而就在天雄欲携爱将天孤星同去时，哈迪斯献身并废除了天雄的三巨头职位。天马再次与哈迪斯对峙。
二十三、冥王之门
冥王见雅典娜的圣斗士一一赶到，则顺势撤到他自造的圣殿中，关起大门，将圣斗士隔于门外。在海皇大殿前死里逃生的拉达被冥王再次赋予新的生命以保护门内的圣殿，而贝努鸟辉火则废掉天雄而自立为三巨头。而前来开门的圣斗士的攻击均被门所弹开，而冲在头批战士的心脏则均被守门者天兽星法拉奥掏出。在众都是无法继续前进之时，射手又次出现，自挖心脏在法拉奥无计可施之时以闪电离子将其击毙。并用最后一口气与其余两黄金狮子和史昂以雅典娜的叹息将门击开。
二十四、雅典娜之血
在卡农岛的德弗特洛斯将被封印疗伤的童虎点血苏醒，并用雅典娜之血将冥王灵魂穿透其心脏之处修补完好。命其执行下一任务，将剩余的雅典娜之血洒向雅典娜塑像。而自己则穿上双子座黄金圣衣奔赴雅典娜身旁。当童虎来到教皇大厅时，已是满面狼藉，冥斗士闯入了十二宫，迎面而来的正是拉达的冥斗士天牢星牛头人的哥顿和天魔星花魔的吉欣，哥顿用巨斧粉碎逼迫童虎亮出十二兵器予以招架。而另一方面拉达被冥王之血觉醒了自身潜力，天哭星鹰身女妖的巴连达因和天捷星蛇鸟怪的西路费都帮其克制了第一次狂暴。童虎脱掉圣衣奋力击败两冥斗士后，西路费都也赶到现场，用灌予毒风的泯灭穹风趁伤攻击童虎，而童虎迎面抱住他将其毙命。
二十五、双子的宿命
辉火趁童虎重伤之际突然献身，正当童虎深陷绝境之时，德弗特洛斯赶到，用异次元空间将童虎及自己传送至哈迪斯出处。但在途中遭遇同于双子的兄弟阿斯普罗斯，遂德弗特洛斯将童虎洗脑并将其加速传送至目的地。而在双子兄弟交战之时穿插了阿斯普罗斯生前的回忆。
