我想把抄写僧伽吒经的功德回向给我儿子,会使他的业障翻腾吗?我有点害怕。。。

放心吧，您过虑了。将念经功德回向给儿子，不是使他业障翻腾，而是消除他的业障。
虽然佛教中有因为精进修行而导致业障提前现前，但往往都是重罪轻报，而提前报总比临命终报要好上万倍，所以，即使有些不顺，也是好事。如《金刚经》言：“善男子、善女人，受持读诵此经，若为人轻贱，是人先世罪业，应堕恶道，以今世人轻贱故，先世罪业则为消灭”，就是这个道理。
但是，自己念经回向给儿子，不如他自己亲自念。可能您儿子现在还不信佛，可以先这样回向，并天天求佛加持，佛菩萨会满足人的善愿的。