修订后的刑诉法第四十九条规定：“公诉案件中被告人有罪的举证责任由人民检察院承担，自诉案件中被告人有罪的举证责任由自诉人承担。”本规定是修订后的刑诉法增加的内容。它明确了刑事案件中证明被告人有罪的举证责任承担主体。
证明被告人有罪的责任由控诉方承担的原因：一是我国刑诉法第十二条规定：“未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。”
这一原则的重要内容之一就是举证责任由控诉方承担。控诉方指控被告人犯罪，必须提供相应的证据事实加以证明，而且这种证明必须达到犯罪事实清楚，证据确实充分的标准。如果控诉方不能证明被告人有罪，被羁押的被告人就要无罪释放。二是被告人有罪的主张不是被告人提出的，而是启动者提出的。让被动卷入刑事诉讼中的被告人承担举证责任违背公平正义原则。三是让被告人承担证明自己无罪的责任，会使每个公民都面临刑事被追诉的风险。无罪无需证明。
关于举证责任的规定对公安机关的影响。本条虽然没有规定公安机关承担举证责任，但是现代刑事诉讼除了自诉案件外，不经侦查无法起诉，所以公安机关需要承担收集证据的责任。这就意味着公安机关认为某人涉嫌犯罪，需要建立在证据基础之上。构成涉嫌犯罪的证据，应当由公安机关提出，犯罪嫌疑人有为自己行为辩解的权利。虽然对犯罪嫌疑人进行讯问也是收集证据的行为，但是对犯罪嫌疑人口供的收集不能违反刑诉法第五十条，即“不得强迫任何人证实自己有罪”。（白俊华）
