纳税人可在每个选择、确认周期内，纳税申报前，可多次进行勾选确认，已确认数据不能修改。纳税申报后不得再进行勾选确认操作，若进行勾选确认操作，这部分勾选确认的发票将无法纳入本期申报抵扣数据中，也不能参与下期申报抵扣，为避免损失，请纳税人确认当期所有发票全部勾选确认后，再进行本期的纳税申报。纳税人当日确认的数据，次日可通过“抵扣统计”查询到可抵扣数据(含勾选确认和扫描认证两类数据)，并可下载所有抵扣明细数据(不限发票数量)。
.取消原有自动确认功能
发票查询平台每月最后一日不再将已勾选未确认数据进行自动确认，为了不影响当月的申报抵扣，操作员必须在勾选、确认期内对当期勾选的数据进行手工确认。
.未确认数据处理
超过可操作期，仍未确认的数据，平台将自动将已勾选未确认的数据回退为未勾选状态，视同当月未做勾选，符合抵扣的时限规则时可在下期继续进行勾选。
