办理商标注册网上申请的，应当按以下流程办理：
1、申请“商标数字证书”;仅商标代理组织需要进行本步骤的操作。
2、下载并安装数字证书驱动程序和安全应用控件;仅商标代理组织需要进行本步骤的操作。
3、登录网上申请系统，选择书式，提交商标网上申请。
4、缴纳商标规费;商标代理组织应当在提交申请前向商标局足额预付商标规费。
5、确认网上申请是否提交成功。成功提交商标网上申请后，商标局要求递交相关纸质申请材料的，应当按规定办理。
在网上申请商标注册需要注意的问题
根据国家工商行政管理总局商标局2009年1月公布的《商标网上申请试用办法》，商标申请人或商标代理组织可在法定工作日的8：00至16：30，通过中国商标网提交申请文件。
申请人商标申请人可以直接提交商标网上申请，也可以委托商标代理组织办理。直接提交商标网上申请的申请人，应当符合《商标法》第四条的规定，不违反《商标法》第十八条的规定，并具备在线支付商标申请费的技术条件。代理商标网上申请的商标代理组织，应经企业登记机关依法登记并在商标局备案。
