因为必须在人工柜台才能办理，具体方法可以在港澳通行证办理入口递交本人通行证，本地出入境的管理局将会递交至省厅换取贴膜，最后使用邮寄的方式邮寄至你的手上。
全国公安机关自2014年9月15日起开始受理新版通行证的申请，同时停止受理现行本式往来港澳通行证的申请。而此前广东省公安机关自2014年5月20日起试点签发的新版通行证继续有效。
电子往来港澳通行证为参照有关国际标准设计制作的卡式证件，内部嵌有非接触式集成电路芯片，存储持证人个人资料及证件、签注签发管理信息，采用成熟的数字安全防伪机制进行保护，印制过程中还使用了多项物理防伪技术，防伪能力明显增强。
新版通行证正面打印持证人个人资料以及证件签发管理信息，背面打印往来港澳签注等信息。签注信息可由证件签发机关重复擦写。新版通行证不再附发贴纸式签注。内地和港澳地区口岸查验部门查验时也不再加盖验讫章，签注使用情况由计算机信息系统记录管理，有需要的持证人可向内地及港澳地区主管部门查询签注剩余次数等信息。
