新型农村合作医疗是以年度为单位办理参合手续，并且在同一个缴费年度内享受该年度的合作医疗报销待遇。即在当年年底参加下一年度的合作医疗缴费，从下一年1月1日至12月31日享受合作医疗待遇，不是当天缴费当天生效。
以某县的新型农村合作医疗筹资工作为例,该县是07年的新增试点县，筹集2007年度参合资金是在2006年的12月，筹资工作12月15日结束，交费的参合农民享受2007年元月至12月的新型农村合作医疗待遇。而筹集08年度的参合资金则是今年的十月份，交费的农民需从08年的元月起才能享受08年的新型农村合作医疗待遇。
如果错过了某一年度的筹资交费，那么是不能享受该年度的新型农村合作医疗待遇。
