这个问题非常复杂，关键在于，国内网友在五毛们的撺掇下，对国际法的无知。
首先，南海并非中国领海，整个国际社会都不承认南海这样的外海是任何国家领海。而中国的九段线，实际上是表明对九段线内的岛礁拥有主权而非对南海本身拥有主权。
也就是说，那些五毛们动辄宣传的美国海军进入南海，侵犯中国主权的话根本是胡话，因为南海的绝大部分海域是公海，可以自由航行的。
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其次，根据国际法，主权国家可以对某个岛礁拥有主权。但是，凡是在涨潮时没有足够面积露出海面的自然岛礁，是没有领海以及经济专属区的-------即，这样的岛礁，只要美军没有派人登陆上去，那就不算侵犯中国主权。
需要注意的是，就算主权国家通过填海造田让某岛礁在涨潮时露出水面部分很大，也因为不是自然的而是人工的，所以依然没有领海及经济专属区。
即，这类岛礁的周边12海里，也属于可以自由航行的公海。所以美国军舰在这些海域拥有完全的自由航行权。
PS：当然，鉴于中国海军的实力远超东南亚诸国。所以，其实中国可以无视东南亚国家控制岛屿的所谓领海和经济专属区。同样，实力远超中国海军的美国海军，也可以无视中国人工制造的岛礁拥有的领海和经济专属区------况且这个东西确实没有领海权和经济专属区。
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再者，经济专属区不是领海。五毛们总喜欢混淆概念，试图将美国海军在我经济专属区的通航行为称为侵犯中国主权。
经济专属区是指，得到国际海洋公约承认的主权岛屿，其周边200海里为该国的经济专属区。该专属区只容许该国认可的船只从事渔业捕捞、旅游、资源开采等经济行为。但是该国不得干涉任何合法舰船在该区域内的自由通航，而合法舰船在该区域不以赢利为目的的捕捞行为也是合法的。
说白了，任何其他舰船都可以在我国（任何国家）的非领海经济专属区内自由通航，通航时还可以在船上钓鱼甚至用小网捕捞吃海鲜，只要不是大量捕捞并贩卖都是合法的。
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综上所述，美国海军在那些未拥有领海的岛礁12海里进行航行，是符合国际海洋法的，中国海军不能也不应对此作出过大的反应。
当然，小反应是可以做的，比如派遣另外一艘军舰或者公务船近距离与其伴行，甚至进行冲撞。但是总体而言，这种行为的意义不大。
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最后，在中国大量装备核动力平直甲板航母之前，中国对美国的这类隐挑衅行为，只能漠视。因为美国的做法并不能真正伤害中国什么，甚至不可能让东南亚诸国跟风---------谁敢跟风，中国就敢撞你的船或者干脆到你的控制权自由通航。
美国的做法，不过是对中国在南海优势的一种无奈表态，说明其不承认这些岛礁的拥有领海--------这也是美国所能做到的极限。事实上，如果中国在这些人造岛礁200海里范围驱逐东南亚国家渔船，尽管不合国际法，但是东南亚各国也只能忍气吞声，美国也不会派军舰为东南亚渔船护航（据我所知，中国正在这么做）。
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目前的实际局势是
1 从国际法法理上来说，中国的那些人工制造岛屿没有领海及经济专属区
2 由于中国的强大，东南亚各国不敢进入这些人工岛屿的12海里范畴以避免和中国冲突
3 东南亚国家不甘心接受这种情况，于是请求美国派遣军舰进入这些人工岛屿的12海里范畴，以向国际社会声明这些岛屿没有领海。
4 在美国应东南亚各国请求而派遣军舰进入这些人工岛屿12海里时，这些国家的军舰不敢跟随美国军舰
5 中国海军目前的实力，不足以对抗美国海军，所以只能对美国海军进入人工岛屿12海里坐视
6 美国海军的做法事实上并没有违反国际法
7 中国并没有明确宣称这些人工岛屿拥有12海里领海权，但是中国通过武力威慑，迫使美国以外的所有国家事实上默认了这些人工岛屿拥有12海里领海。
总体来说，这事根本不算什么。
只要中国拥有足够航母，这些人工岛屿就是拥有12海里领海的岛屿。
即使中国没有足够航母，只要中国政府态度强硬，这些人工岛屿也拥有事实上的12海里领海以及200海里经济专属区
