根据《个人所得税法》第八条的规定：“个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人”。
若员工是与A分公司签订的劳动合同，那么应该由分公司开工资扣个人所得税，但目前是总公司支付该部分工资，理论上属于替分公司负担费用，这种情况下：
根据《税务总局关于个人所得税偷税案件查处中有关问题的补充通知》(国税函发〔1996〕602号)第三条关于扣缴义务人的认定明确，扣缴义务人的认定，按照个人所得税法相关法规，向个人支付所得的单位和个人为扣缴义务人。
由于支付所得的单位和个人与取得所得的人之间有多重支付的现象，有时难以确定扣缴义务人。为保证全国执行的统一，现将认定标准规定为：凡税务机关认定对所得的支付对象和支付数额有决定权的单位和个人，即为扣缴义务人。
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扣缴义务人本不是纳税人，所以不承担纳税人的义务，实际上扣缴义务人的义务是第三人根据税收法律法规的规定所承担的公法上的义务，就这种义务本身来看，是扣缴义务人自己的义务，而非他人的义务。
扣缴义务人的扣留收取义务、申报义务和填发义务的性质是扣缴义务人履行一定行为的义务，扣缴义务人扣缴义务的存在，并不取消或影响纳税人的存在，也没有改变纳税人的地位，负担金钱给付义务的仍然是纳税人。
所以扣缴义务应属于缴纳行为义务而非金钱给付义务。
依法履行扣缴税款申报的义务。扣缴义务人应当按照国家有关规定如实向税务机关提供与代扣代缴、代收代缴税款有关的信息；按照规定的期限和申报内容报送代扣代收报告表以及税务机关根据实际需要要求扣缴义务人报送的其他有关资料。
扣缴义务人因特殊原因，如发生不可抗力事件，不能按期办理报送代扣代缴、代收代缴税款报告表的，经税务机关核准，可以延期申报，但应当在纳税期内按照上期实际缴纳的税额或者税务机关核定的税额预缴税款，并在核准的延期内办理税款结算。
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