合肥市环境保护局的主要职责：
(一)贯彻执行国家环境保护的法律、法规和方针政策，研究拟定并监督执行环境保护方面的地方性法规、规章。
(二)拟定全市环境保护规划，组织拟定和监督实施重点区域污染防治规划和生态保护规划;组织编制全市环境功能规划;参与编制全市可持续性发展纲要，审核城市总体规划中的环境保护内容。
(三)对全市大气、水体、土壤、噪声、固体废物、有毒化学品以及机动车等污染防治工作实施统一监督管理;负责核安全、辐射环境、放射性废物的管理及污染防治的监管。
(四)监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作;监督检查各种类型自然保护区以及风景名胜区、森林公园环境保护工作;监督检查生物多样性保护、野生动植物保护、湿地环境保护工作;提出新建各级各类自然保护区的审批建议，综合管理自然保护区。
(五)查处本市违反环境保护法规的行为、环境污染事故和生态破坏事件，协调处理行政区域内环境污染纠纷;组织和协调全市重点区域的污染防治工作;组织开展全市环境保护执法检查和环境保护行政稽查;承担环保行政复议、应诉工作，承办人大、政协环保议案、提案、意见，处理环境保护信访。
(六)贯彻执行环境保护国家标准;依法拟定环境保护的地方标准并按规定的程序发布;组织编报全市环境质量报告书，发布环境状况公报。
(七)组织实施各项环境管理制度，按规定审定开发建设活动环境影响报告书，受市政府委托对重大经济和技术政策、发展规划以及重大经济开发计划进行环境影响评价;负责本市环境目标责任制、城乡环境综合整治定量考核的日常工作，负责农村生态环境保护，监督管理乡镇企业环境保护，指导全市生态示范区和生态农业建设。
(八)组织环境保护科技发展、重大科学研究和技术示范工程;管理全市环境管理体系和环境标志认证;参与组织实施环境保护资质认可制度;参与拟定全市环境科技发展规划和环境保护产业规划，指导和推动环境保护产业发展。
(九)负责环境监测、统计、信息工作;组织建设和管理全市环境监测网络及环境信息网络;组织对全市环境质量监测和污染源监督性监测;组织、指导和协调环境保护宣传教育工作，推动公众和非政府组织参与环境保护。
(十)负责环境监理，依法征收排污费并负责管理和使用。
(十一)管理全市环境保护国际合作和利用外资项目，组织参加国家批准的环境保护国际条约市内履约活动。
(十二)协助管理市辖县环保部门领导班子。
(十三)承办市政府交办的其他事项。
对市辖县环境保护部门实行双重领导，以当地政府为主。
简介合肥市环境保护局
合肥市环境保护局是合肥市人民政府环境保护的行政主管部门，办公地址:合肥市经济技术开发区繁华大道304号。
下设机构及职责：
1、办公室
负责机关文秘、会议、机要、档案、信息、保密、接待、安全保卫工作;负责组织实施政府环保目标责任制工作;负责机关财务、资产、车辆等管理和保障工作;负责机关、直属单位机构编制、人事管理和离退休人员服务工作;负责组织协调重大突发环境事件的应急、预警工作;负责信访稳定工作;负责政务公开工作;负责综合协调和联络工作;负责人大代表、政协委员的提案、议案办理;负责省厅、市领导重要批示的督查督办工作;承办局领导交办的其他工作。
2、发展规划处
组织编制全市环保中长期规划;编制管理市级环保基本建设投资、环境保护污染治理投资计划与排污费使用计划;负责国家和省级各类环保污染治理专项资金项目的申报和项目的实施管理;监督检查环保基本建设与环保投资项目的实施情况;负责协调国家批准的环保国际条约市内履约活动;管理专项资金支持的环保项目技术档案，搜集有关环保资金和贷款的情报和信息工作;承办局领导交办的其他工作。
3、污染物排放总量控制处
拟订并组织实施主要污染物排放总量控制制度，承担排污许可证制度的组织实施工作;组织指导全市污染物减排工作，制定污染物排放总量控制计划，考核总量减排情况，监督实施污染物减排项目;承担重大项目污染物总量审批工作;承担环境统计、污染源普查工作;承办局领导交办的其他工作。
4、污染防治处
拟订并组织实施大气、水体、土壤、噪声、固体废物及化学品和机动车等污染防治政策和规定;组织拟订并实施重点流域、重点区域污染防治规划;负责全市环境综合整治及定量考核工作;负责提出市级污染治理项目需求;提出关、停、并、转、迁企业计划及限期治理项目计划，经批准后监督实施;指导市级循环经济、清洁生产工作;负责环境友好型企业等创建工作;负责环保核查认证工作;承办局领导交办的其他工作。
5、法规宣传处
拟订环保地方性法规和规章草案，答复相关部门立法征求意见;负责环保行政处罚、行政复议、行政应诉等工作;拟订并组织实施本市环境保护宣传教育纲要;推动社会公众和社会组织参与环境保护;组织和策划重大环保宣传活动;加强与新闻媒体的联系，提供正确的舆论导向，及时组织舆情应对;承办局领导交办的其他工作。
6、自然生态保护处(科技监测处)
组织编制实施全市生态环境保护规划;监督自然资源开发活动中的环境保护及生态破坏恢复整治、湿地环境保护工作;指导农业生态保护工作;负责全市生态保护(包括养殖业等方面的环境管理)工作，指导全市生态示范区和生态创建工作;管理全市环境监测工作和全市环境监测网络;组织审核全市环境质量报告书，组织发布环境质量状况;组织编制环境功能区划并监督实施;负责水环境专项等科研工作;承办局领导交办的其他工作。
7、辐射安全管理处
承担全市辐射安全、放射源监督管理工作;承担辐射环境事故应急工作;对电磁辐射、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治实行监督管理;承担辐射安全许可证核发工作，审批放射源转让手续和跨区域转移备案;牵头组织建设和管理全市辐射环境安全监测网络;承办局领导交办的其他工作。
8、行政审批事务处
贯彻落实国家和地方建设项目环保法律法规、环保管理政策;组织拟订全市建设项目环境管理地方行政措施;指导全市建设项目环境评价和"三同时"工作;负责市级建设项目"三同时"验收工作;参与全市上报国家环保部、省环保厅审批的建设项目环评文件的审查和"三同时"验收;负责环境影响评价机构质量管理;承办局领导交办的其他工作。
9、环保窗口
在市环保局和行政服务中心的双重领导下，履行对窗口的管理、督查、协调职能。负责环保行政许可及非许可行政审批事项的受理、审核工作;参与行政许可及非许可行政审批事项的论证、审核、上报等相关程序性工作;负责行政审批决定送达和行政许可证的发放工作;负责制定和完善行政许可和非许可行政审批项目的工作制度、工作流程等工作;负责行政审批项目的统计分析和案卷归档工作;做好与行政服务中心的协调管理工作，并协调窗口与局各职能部门的工作关系;加强对县区环保窗口的监督、指导工作;承办市行政服务中心和局领导交办的其它工作。
10、监察室
根据市纪委、监察局的工作部署，结合市环保局实际，制定工作计划，并组织实施;协助局党组抓好党风廉政建设，监督、检查局机关及所属单位党风廉政建设责任制执行情况;提出环保系统预防和治理腐败的措施;组织和配合有关部门对环保系统党员干部和职工进行党纪、政纪教育，预防违纪违规案件的发生;受理对检查、监察对象的举报、控告及其申诉，调查处理检查、监察对象违反党纪、政纪的案件;参与政风评议、行风评议的组织工作;参与环保系统内部审计工作;承办市纪委、市监察局和局领导交办的其他工作。
11、直属党委
负责局机关直属党委的日常工作;加强环保系统党的组织建设;总结分析环保系统党的建设、党员思想状况，提出意见和建议，为局党组当好参谋;做好职工的思想政治工作，推进机关精神文明建设;指导局机关及环保系统工、青、妇工作;承办上级党组织和局领导交办的其他工作。
12、团委
负责局机关和环保系统内共青团工作的领导、宣传、教育和基层团组织建设;做好环保系统团员和青年的思想政治工作;组织指导环保系统内各级团组织开展各种适合青年特点的活动;负责做好向党组织推荐优秀共青团员入党工作;承办团市委和局领导交办的其他工作。
13、工会
负责局机关工会组织建设，指导基层工会工作;组织职工开展劳动竞赛、合理化建议、文体活动;负责劳动模范的评选、表彰、培养、管理，计划生育及妇女工作;承办市工会和局领导交办的其他工作。
