通常说的中药，包括中药材和饮片、中成药等。未经加工和只经过粗加工的中药材具有农副土特产品的特征，例如葛根、板蓝根等。它们在种植过程中按农副产品的规范管理，只有加工成饮片和中成药后，才被纳入药品相关规范的管理范畴。但如果对中药材的源头把控不够严格，农药残留、重金属超标等问题就难以根治。
中药材来源广泛、成分复杂，保存中会受到不同因素的影响。怕热药材应注意对温度的控制；易霉变的药材，应注意对湿度的控制；易挥发的药材，储存时应注意密闭……不同类型的药材，分别需要相应的仓储条件，不能一概而论，更不能像摆放粮食一样简单堆积。但在目前，国内一些中药材的仓库设施和养护技术落后，规模小、散、乱，缺乏相应规范，仓储水平甚至还不如大米、棉花等农产品。业内普遍认为，和其他产品相比，中药材的物流水平落后20年以上。
在部分地区的中药材仓库，没有防虫、防火的基本条件，由于保存环境不到位，一些销售者通过硫磺熏蒸等方法延长药材保质期。硫磺在熏蒸过程中会产生二氧化硫，可能影响药材质量和疗效。大规模的违规硫磺熏蒸，还会影响药价。2013~2014年的金银花、浙贝等药材的硫磺熏蒸事件，就曾造成药价的大幅波动。一些不法商贩还利用硫磺熏蒸具有漂白、增艳的特性，把发霉变质的中药材用工业硫磺大量和反复熏蒸办法进行掩饰，达到卖假售劣的目的。如果使用工业硫磺，还会引起慢性中毒。
运输过程中，西药产品多具有包装，但中药材如果包装不到位，藿香等具有挥发性的药材药效会减弱；如果受潮、沾染虫卵，会污染药材；还有的运输车辆同时运送农药、化肥等化学品，可能将药材变成“毒药”。
