区别：
1、土地承包经营权纠纷，是土地承包者与农村集体经济组织的纠纷；土地使用权纠纷，则是土地使用者与单位或者个人之间的纠纷。
2、土地承包经营权是不能继承的，土地承包经营权属于用益物权，只是占有、使用、和收益的权利，对土地没有所有权，土地使用权是凡具备法定条件者，依照法定程序或依约定对国有土地或农民集体土地所享有的占有、利用、收益和有限处分的权利。
3、土地承包经营权确认纠纷是用于农业生产，土地使用权的确权纠纷是企业用地或者宅基地或者其他非农用地，如果是土地权属纠纷，由国土资源局的地籍部门受理。
扩展资料：
征地制度
2013年全国两会给土地改革定下清晰的方向与目标：加快农村土地征收改革与完善土地流转制度;建立农村金融机制，制止地方土地生财。
两会土地改革：农村土地确权保障农民权益
逐步建立城乡统一的建设用地市场、实现农村集体经营性建设用地与国有土地享有平等权益成为他们共同的呼声。
在本次政协会议的提案中，九三学社中央毫不讳言征地制度改革是一块难啃但必须要啃的“硬骨头”，称“只要走好农村土地登记确权的第一步，改革条件就基本具备”。
实际上，这也已经成为中央高层和业内的共识。
加强土地承包经营权流转管理和服务，发展适度规模经营。
关于此项工作的重要意义，国土资源部地籍管理司司长朱留华早前已给出明确答案。他表示，短期来看，农村集体土地确权登记可有效解决农村集体土地权属纠纷，在城镇化、工业化和农业现代化进程中切实维护农民权益。
长期来看，有助于依法确认和保障农民的土地物权，形成产权清晰、权能明确、权益保障、流转顺畅、分配合理的农村集体土地产权制度，是建设城乡统一的土地市场的前提。
参考资料：百度百科-土地确权
