当前我国电子商务发展中存在的的主要问题有：
(1)、落后的信息化建设水平
最近几年，即便我国全面加大对信息化基础建设的投入，建设资金逐年递增，但相对于欧美等发达国家，我国信息化建设仍处于较低的发展水平。当前我国许多企业在进行信息化建设和电子商务应用过程中，过分偏重于硬件建设和网络建设，而忽略了软件建设和数据建设，甚至有些企业对数据建设有心无力。以上种种，对当今电子商务的快速发展起到较大的阻碍。
(2)、电子商务安全保密建设相对较弱
电子商务的安全建设包括计算机网络系统硬件和软件的建设。电子商务作为一个开放的交易平台，为了保障交易双方之间的诚信、平等以及交往信息的安全等，需要确保交易者身份的真实性、信息的完整性以及信息的保密性。而我国在电子商务的技术和信用体系建设上还不完善，交易中时常出现信誉问题。电脑黑客、病毒与各种手段的网上骗局、网上盗窃等也让人猝不及防。这些电子商务中时常发生的篡改、信息破坏、身份识别、信息泄密等问题都造成了人们对电子商务信任的降低。
特别在电子商务支付与结算问题上，各个商业银行一般都开通了自己的网上银行业务并结合电子商务的发展提供了相应的服务，但由于我国目前在身份认证、数据加密、商用密码、通讯安全控制措施等各种技术参数方面还没有形成比较完善的国家标准，各个银行在营业活动中所采用的网络平台并不统一，银行与银行之间的通讯、支付与结算也存在着这样那样的问题，这无疑增加了电子商务活动的交易风险。
(3)、电子商务税务发展的滞后
随着网上经营的急剧扩增，导致传统贸易数量的缩小，而我国还没有一个相对电子商务的税务标准。作为商业发展中的一个新兴模式，相应的税务征管电子化还未建立。作为开放的网络市场，网上贸易无法有效掌控，致使出现大量的“征税盲区”，造成税收流失问题严重。怎样解决电子商务中税源监管，提高税务稽查效率是我国政府当前主要面对的问题之一。
(4)、缓慢的物流配送管理建设
企业要想正常运营和可持续发展需要一套有效的物流管理体系作为保障。企业只有通过物质资料流入转化和流出才完成整个的生产经营活动。由此可见，物流系统在企业整体经营活动秩序中起到至关重要的作用。然而对于我国电子商务的物流管理，却还没有建立起完善的全国性货物配送体系，电子商务公司仅仅通过其内部建立效率低，规模小，平台分散的物流平台。致使物流状况与电子商务交易所需的一整套物流服务要求无法契合。
(5)、不完善的法律法规
由于电子商务快速的国际化发展，使得产品、劳务和信息全球流动。国际化的互联网电子商务平台运作中存在着诸如国际民事诉讼、知识产权、签名认证、隐私权等法律风险。这就需要我国与时俱进，快速完善相关法律体系只有建立起完善的法律法规制度，才能使电子商务更加健康、壮大的发展起来。
