1、作用上不同：刷机主要作用是优化手机系统，使手机在硬件条件无法改变的情况下运行的更加完美。恢复出厂设置主要作用是使得手机删除存储的信息和自定义设置，使手机恢复出厂状态。
2、数据保留上不同：刷机数据都会被清空掉，功能可以根据刷机包不同任意添加新功能。恢复出厂设置，存储的数据是不会删除掉了，系统本身也没有增加或减少功能还是原来的系统。
3、方法不同:刷机，就是给手机重装系统，就像重装电脑系统一样，可以在手机系统出现问题时刷机来修复手机。恢复出厂设置只是单纯的恢复了手机最初出厂设置。
参考资料来源：百度百科-刷机
