主要区别在于机械电子工程是偏重于机械自动化，自动化专业适用于各行业的自动化控制。
机械电子工程专业培养具有机械电子工程专业基础知识与专业技能，能在生产一线从事机械电子工程专业产品的设计制造、控制开发、应用研究和生产管理等工作的应用型高级专门人才；培养能在中、高等职业教育领域从事机电一体化专业的理论教学、专业实践指导和学生管理工作的复合型职教师资。
1．具有制图、机电信号采集转换与检测、机电系统微机与PLC控制、文献检索等基本技能。
2．具有较强的数控机床操作、调试、维修、维护等实际操作技能。
3．具备运用现代技术手段测试机电参数、合理运用机电设备的能力。
4．具有机电产品的开发运用能力。
5. 具有机械、电子、数码等产品结构研发设计的能力。
6. 具有机械、电子相关生产企业及研发机构的管理能力。
自动化专业培养的学生具备电工技术、电子技术、控制理论、自动检测与仪表、信息处理、系统工程、计算机技术与应用和网络技术等较宽广领域的工程技术基础和一定的专业知识，能在运动控制、工业过程控制、电力电子技术、检测与自动化仪表、电子与计算机技术、信息处理、管理与决策等领域从事系统分析、系统设计、系统运行、科技开发及研究等方面工作的高级工程技术人才。
