会计处理时，应分析所取得补助究竟属于何种性质。按《企业会计准则——应用指南》规定，专项应付款核算企业取得政府作为企业所有者投入的具有专项或特定用途的款项。而税务上所说的补贴收入在《企业会计准则（2006）》体系下通常是指按《企业会计准则第16号——政府补助》的规定来核算的收入。按规定，政府补助是指企业从政府无偿取得货币性资产或非货币性资产，但不包括政府作为企业所有者投入的资本。政府包括各级政府及其所属机构，国际类似组织也在此范围之内。政府补助是无偿的、有条件的。
对比可知，政府补助与专项应付款具有本质的差别，即政府补助核算具有损益性质的补助，而专项应付款核算具有权益性质的款项。所以，企业应该分析所取得款项的性质来分析判断是属于补贴性收入，还是待支付的应付款性质。至于税务方面如何处理，并不影响会计处理。
按上述分析，我们认为科技补助通常属于补贴收入性质，应该作为营业外收入（与收益有关的补助）或递延收益（与资产有关补贴）入账。当然，企业可以据实扣除相关科技开发项目的费用支出。
如果确系政府以所有者身份投入的具有专项或特定用途的款项，按准则规定精神，
①企业按收到或应收的资本性拨款，借记“银行存款”等科目，贷记“专项应付款”。将专项或特定用途的拨款用于工程项目，借记“在建工程”等科目，贷记“银行存款”、“应付职工薪酬”等科目。
②工程项目完工形成长期资产的部分，借记“专项应付款”，贷记“资本公积——资本溢价”科目；对未形成长期资产需要核销的部分，借记“专项应付款”，贷记“在建工程”等科目；拨款结余需要返还的，借记“专项应付款”，贷记“银行存款”科目。上述资本溢价转增实收资本或股本，借记“资本公积——资本溢价或股本溢价”科目，贷记“实收资本”或“股本”科目。
③“专项应付款”期末贷方余额，反映企业尚未转销的专项应付款。
