尽管翼龙化石的发现比恐龙早了半个多世纪，但它的祖先是谁到现在还是一个谜，科学家们甚至连两者之间的过渡类型都没有找到，多年来科学家对翼龙的研究一直是疑团丛生
。翼龙在生物进化的链条中究竟属于哪个环节？它与哪些物种有着紧密的联系？这些问题一直吸引着科学家们不断探索。由于翼龙与恐龙生活在同一时代，一个是陆地霸主，一个是空中主宰，同时出现又同时灭绝，于是人们猜想：翼龙会不会是恐龙家族的成员呢？它是不是会飞的恐龙呢？
从翼龙化石中，科学家发现翼龙的头骨和恐龙一样都是双孔结构。头骨的双孔结构是爬行动物的一个重要标志，科学家推测翼龙和恐龙应该有共同的祖先，它们可能都是从一种原始的爬行动物进化而来的，也可以说翼龙是恐龙的近亲。虽然它们同时出现又同时灭亡，但没有进化上的联系。
过去确实有人认为,翼龙是恐龙当中的一个类群，有人甚至说翼龙是会飞的恐龙。其实这是个错误的看法,翼龙和恐龙是完全不一样的。
从骨骼结构来看，翼龙的前肢结构和恐龙完全不一样，它的第五指退化，第四指加长，变成飞行指，飞行指与腿之间连接着薄薄的翼膜，恐龙根本没有这样的特点。另外科学家们还发现翼龙有一些特殊的骨骼，比如说翅骨，这些结构都和恐龙完全不同。
翼龙和恐龙虽然同属于爬行动物，但它们的运动方式也发生了很大的变化。恐龙主要是在陆地生活，它的骨骼强壮，肌肉发达，行走和奔跑能力都非常强。而翼龙在飞行能力增强的同时，行走能力却退化了。翼龙一般很少在地面行走，即便在地面上行走也与恐龙不同。
