第三战区
1937 年7 月7 日，日本帝国主义发动了全面侵华的"卢沟桥事变"，正在重庆参加川康整军会议的顾祝同奉命赶往南京，顾祝同被任命为第三战区副司令长官(司令长官为冯玉祥)兼第五集团军总司令，并负实际指挥责任，先后指挥张发奎第八集团军、张治中第九集团军、刘建绪第十集团军、陈诚第十五集团军、薛岳第十九集团军及朱绍良、罗卓英、胡宗南、廖磊、刘兴等部约70万人，奋勇抵抗，重创日军，为中央政府和上海的撤退争取了必要的时间。南京沦陷后，国民政府重新调整战区。顾祝同为第三战区司令长官兼江苏省主席，他在职前后8年，经历整个抗日时期，其辖区包括苏南、皖南、赣东和闽、浙两省，战线绵延2000公里，与日伪军防区接触范围很大，但除了发生一些小型战斗以外，基本上未和日寇发生较大的战斗；相反，他利用其辖区的有利条件，以建立战时经济为名，大搞走私贸易，囤积居奇，大发国难财。
1940年初，抗日战争进入相持阶段后，敌后摩擦不断，10月陈毅在黄桥战役中以七千破十万，大败江苏省主席韩德勤，89军军长李守维也在逃跑途中淹死，国民党内舆论大哗，正副参谋总长何应钦、白崇禧联名致朱德、彭德怀电报，要求共产党把军队开黄河以北，分区抗战，免得擦枪走火，皖南的新四军也必须北开。
1940 年10 月20日，顾祝同在长官部的例会上，指定参谋处制订对新四军的作战计划。他强调，如果新四军无意"北撤"，反而要"南窜黄山、天目山、四明山搞三山计划"。就武力解决，为此他抽调了7个师4万余人堵住了新四军南进之路，选调的部队有具有法国装备的四十师，用于第一线；抽调浙东的六十九师到皖南，又把赣东负责指挥对南昌日寇作战的三十二集团军总部调到皖南，并命上官云相统一指挥。他同时命令赶修重庆至上饶之间的长途载波电话线。他声色俱厉地斥责施工负责人："如果不按期完工通话，你负责，要杀你的头。"这样，线路在12 月中旬完工开通，保证了他和蒋介石的密切联系，12 月31 日，他以长官名义向新四军下达最后通牒命："在12 月31日前，在长江以南的新四军全部开到江北。" 1941 年1 月6 日，新四军因北渡困难，向东行军迂回北渡，没想到闯进了国军的伏击圈，战斗打响后，顾祝同严令上官云相传令各部队，务必把新四军包围住。1 月13日，新四军军长叶挺奉命要求谈判，顾却下令将叶挺扣押起来。1 月14 日，新四军被围部队终因伤亡过大，弹尽粮绝，9000名官兵除傅秋涛等人率2000 余人突围外，6000 余人被俘，其余壮烈牺牲。1 月17 日，顾祝同把情况报告国民政府军委会，诡称："国民革命军新编第四军违抗命令，不遵调遣，自上月以来在江南地区集中全军，蓄意扰乱战局，破坏抗日战线，阴谋不轨，已非一日。本月初自泾县潜向南移，竟于4 日明目进攻我前方抗日阵地，危害民族，为虎作伥，丧心病狂，我前方被袭部队，对此不测之变，若不忍痛反击，不仅前线各军之将士无以自卫，而且整个抗日之国策亦被其破坏无余，……新四军全部解散，编遣完毕，该军军长叶挺于当地擒获，副军长项英潜逃不获。"顾祝同为参加这次血腥屠杀新四军的官兵邀功请赏，并奖给第三十二集团军总部、第二十五军和上官云相法币各5 万元。
1942 年，日军集中87个大队的兵力向第三战区发动进攻。浙赣会战爆发。顾祝同本来计划在兰溪一线和日军展开决战的，但军委会担心兵力不够，命令顾祝同放弃兰溪决战，把部队后撤到衢州，等援兵会合以后再决战，可是等到中国援军赶到的时候，驻南昌的日本军队也发动了策应攻势，衢州腹背受敌，中国守军由于缺少必要的通讯联络及判断失误，第三战区未能实现与日军决战的计划。顾祝同部没有进行有力抵抗，被日军占去大量地盘，其长官部也仓皇撤往福建，以后才又回到江西铅山。
豫湘桂会战后，由于日军打通了大陆交通线，第三战区辖区形成孤岛，蒋介石又升任他为赣州行辕主任兼第三战区司令长官，并指挥第七、第九战区。权利之大，令同行侧目。抗日战争胜利后，顾祝同以第三战区司令长官名义，接受了驻浙日军的投降。 9月9日，在南京举行的中国战区日军投降典礼上，中国陆军总司令何应钦接受日本侵略军总司令冈村宁次的投降。顾祝同作为中国陆军代表也参加了这一仪式。。
