建筑企业农民工工资保证金退还手续如下：
1、建筑工程主体完工后，经审核确认建筑施工企业无拖欠农民工工资的行为，退还建筑施工企业60%的工资保证金;
2、建设工程全部完工后，经审核确认建筑施工企业无拖欠农民工工资的行为，退还建筑施工企业剩余40%的工资保证金;
3、建设单位在建设工程全部完工办理决算后，经确认无拖欠行为，全部退还建设单位所缴纳的工资保证金；
4、带资料，书面申请法定代表人委托书(委托经办人的)经办人身份证原已交保证金的票据或存折竣工验收报告原件及复印件工程决算单;
5、银行电脑打印的往来账目清单，自开工到竣工的往来账目清单。
扩展资料：
“工资保证金”的作用
发生企业拖欠农民工工资问题，人力资源和社会保障行政部门将会责令企业限期支付，如企业逾期还未支付的，人力资源和社会保障行政部门将会同行业主管部门通知银行按照保函约定的程序和范围先行支付农民工工资。
本市施工企业注销《企业法人营业执照》、《建筑业企业资质证书》或撤销许可类经营范围，外地进京施工企业退出本市的，企业提出书面申请，经人力资源和社会保障行政部门、行业主管部门确认，符合以下情形的，可向企业退还保函：
（一）自企业提出退还保函申请之日起前两年内，在本市范围内承接的工程项目未发生拖欠农民工工资，或者拖欠农民工工资问题已解决的。
（二）拟退出企业以法人单位的名义出具承诺书，承诺以下内容：
1.在本市范围内没有在施工程项目
2.自出具承诺书之日起前一年内，在本市范围内未承接新工程
3.自出具承诺书之日起，在本市范围内已竣工的工程项目竣工备案时间已超过两年
参考资料：百度百科：工资保证金
