事业单位有编制和无编制的区别是稳定与否，以及待遇和薪资上的区别。
与企业单位的区别
事业单位是具有公益性质，为社会提供公共服务组织，事业单位绩效工资和企业绩效工资最主要不同点在于经费来源和保障。企业绩效工资完全取决于企业盈利情况，根据企业的薪酬战略及绩效考核结果进行发放；而事业单位则不同，事业单位根据单位不同类别，其绩效工资的经费来源和保障有所不同，义务教育中小学绩效工资经费来源主要由县级财政保障，省级财政统筹，中央财政对中西部及东部部分财力薄弱地区给予适当补助。
其他事业单位实施绩效工资所需经费，按单位类型不同，分别由财政和事业单位负担，但事业单位的创收收入如何规定是今后需要解决的问题。公益型事业单位如果把主要精力用在创收或提供公共服务也高价收费，这就偏离了公益性事业单位的性质，这些需要通过制度进行规范和安排。
与行政单位的区别
（1）内涵不同——行政单位属于国家机关，而事业单位属于社会服务组织。
（2）担负的职责不同——行政单位是负责对国家各项行政事务进行组织、管理和指挥；而事业单位是为了社会的公益目的从事教育、文化、卫生、科技等活动。
（3）编制和工资待遇的来源不同——行政单位使用行政编制、由国家行政经费负担。事业单位使用事业编制，由国家事业经费负担。事业单位有全额拨款的，有部分拨款的，还有事业单位企业化管理的。行政单位人员的工资按《公务员法》由国家负担，而事业单位则根据不同的管理模式实行不同的待遇。
