随着社会科学技术的不断发展，手术设备日新月异，因此要求的手术室功能也各有不同，手术室的建设必须满足手术设备的功能要求才能让手术设备发挥作用，由于手术室的多样性，当今手术室的分类只能是按照多种分类方式。
手术室按医疗专科分为八类：
1. 普外手术室；
2. 骨科手术室；
3. 妇产科手术室；
4. 男外科手术室；
5. 心胸外科手术室；
6. 泌尿外科手术室；
7. 烧伤科手术室；
8. 五官科手术室。
由于各专科的手术往往需要配置专门的设备及器械，因此，专科手术间宜相对固定。

手术室按空气洁净度分为五类：
1. Ⅰ类手术间（无菌层流手术间）：主要接受颅脑、心脏、关节置换、脏器移植等手术。
2. Ⅱ手术室间（无菌手术间）：主要用于骨科、普外整形外科中的一类伤口手术，如脾切除手术、闭合性骨折切开复位术、眼内手术、甲状腺切除术等无菌手术。
3. Ⅲ类手术间（有菌手术间）：用于胸外科、耳鼻喉科、泌尿外科和普外科中除一类伤口的手术，如胃、胆囊、肝、阑尾、肾、肺等手术。
4. Ⅳ类手术间（感染手术间）：主要接受阑尾穿孔腹膜炎手术、结核性脓肿、脓肿切开引流等手术。
5. Ⅴ类手术间（特殊感染手术间）：主要接受绿脓杆菌、气性坏疽杆菌、破伤风杆菌等感染的手术。
