1、如果是非现场违章且违章车辆牌照所属地在上海的，才可以在上海处理江苏南通的违章罚款和扣分，否则就不行。
违章罚款和扣分只能在违章地或者车辆号牌核发地的交警队处理。如果是现场违章，比如直接被交警当场抓住的违章，必须在违章地南通处理。如果是非现场违章，比如被交通摄像头抓拍的违章，既可以在违章地南通处理，也可以在机动车号牌核发地处理。
2、根据公安部在2009年4月1日起施行的《道路交通安全违法行为处理程序规定》，
第四条 交通警察执勤执法中发现的违法行为由违法行为发生地的公安机关交通管理部门管辖。
第五条 交通技术监控资料记录的违法行为可以由违法行为发生地、发现地或者机动车登记地的公安机关交通管理部门管辖。
