灌装机的无菌环境需要一系列的工艺流程来建立，并通过一系列措施来维持无菌：
CIP，COP，SIP，SOP对灌装机的产品管路，灌装环境进行生产前的清洗消毒，
再通过无菌隔离罩，将要求达到无菌状态的生产区域和外界进行隔离，通过内部正压，无菌空气吹送，蒸汽障壁，水封，等措施来维持无菌状态，
持续生产状态下，无菌保持时间一般不超过72小时（低酸产品生产），
生产过程中，任何维持措施失效，均视为无菌丢失，需要再次执行C再次建立无菌生产环境。
CIP (Clean inside place 内部清洗)
COP（Clean outside place 外部清洗）
SIP（Sterilize inside place 内部杀菌）
SOP( Sterilize outside place 外部杀菌)
无菌生产的关键是隔离污染源对产品直接或间接的污染，污染源分类为物理杂质，化学药剂残留和致病微生物繁殖，其中，尤其以微生物风险最不易实时检测出，且一但出现风险，损失也是最大的，考量无菌灌装机的无菌环境的建立能力和维持能力，主要的就是看其工艺对于微生物污染风险的考量和应对机制措施。
