1.吴彤等著．复归科学实践——一种科学哲学的新反思．北京：清华大学出版社．2010.
2.吴彤．复杂性的科学哲学探索．呼和浩特：内蒙古人民出版社．2008.
3.吴彤.三生万物——自组织、复杂性和科学实践，呼和浩特：内蒙古人民出版社．2006.
4.吴彤、蒋劲松、王巍主编．科学技术的哲学反思．北京：清华大学出版社．2004.
5.吴彤：《自组织方法论研究》，清华大学出版社，2001年，20万字。
6.吴彤：《生长的旋律--自组织演化的科学》，山东教育出版社，1996年；14万字。
7.沈小峰、吴彤、曾国屏：《自组织的哲学--一种新的自然观和科学观》，中共中央党校出版社，1993年，32万字（吴彤写其中22万字）。
8.吴彤、张锡梅、任玉凤、李笑春：《人与自然：生态·科技·文化·社会》，内蒙古大学出版社，1995年，28万字。
9.吴彤：《现代科学技术与当代社会》，内蒙古大学出版社，1998年，28万字。1.曾国屏、吴彤等译：《自组织的宇宙观》（詹奇著），中国社会科学出版社1992年，29万字。作者译5万字。
2.柯志阳、吴彤译：《混沌与秩序--生物系统的复杂结构》（克拉默著），上海科技教育出版社，2000年，30万字（作者主要从事部分译校工作）。
3.莱文著，吴彤、田小飞、王娜等译．脆弱的领地．上海：上海科技教育出版社．2006.
4.雷舍尔著，吴彤译．复杂性——一种哲学概观，上海：上海世纪出版集团，上海科技教育出版社．2007.
5.拉德主编，吴彤、何华青、崔波等译校，科学实验哲学.北京：科学出版社，2012（即出）1.吴彤：“实践的诠释与现象学”，《哲学研究》，2012（2）:85-92.
2.吴彤：“科学研究中的表征——从科学实践哲学的立场看”，《哲学分析》，2012（1）：18-30.
3.吴彤：“从卡特赖特的律则机器看科学”，载于《转型中的科学哲学》，成素梅等著，北京：科学出版社，2011年版，第108-115页。
4.吴彤：“蠕虫：网络监视与科学教育——从科学实践哲学的立场看科学人文教育”，《科学与社会》，2011（4）：99-105.
5.吴彤：“整体与破碎”，《系统科学学报》，2011（2）：5-8.
6.吴彤：“科学实践哲学与语境主义”《科学技术哲学研究》，2011（1）：5-10.
7.吴彤：“从科学实践哲学和复杂性科学的双视角看中医学研究”，《医学与哲学》，2010年（12）：1-3。
8.吴彤：“融汇科学与哲学的独特教育——关于博士生公共政治课近十年发展及在有中国特色高层次人才教育中的地位与作用的认识”，《自然辩证法研究》2010（8）：111-116.
9.吴彤：“科学实践哲学在中国：缘起、现状与未来”，《哲学分析》，2010（1）：178-184.
10.吴彤：“中国系统科学哲学三十年：回顾与展望”，《科学技术哲学研究》，2010（2）：1-12，55。
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64.吴彤、沈小峰、郭治安．科学技术．生产力系统的“序参量”．自然辩证法研究．1993（6）：1-8。
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66.吴彤．儒家与中国古代科技．内蒙古大学学报．（核心）1992年第4期，参加首届“中国传统思想与科学技术”全国学术讨论会（上海，1990年）大会发言，论文摘要收入中国科学思想史论．（袁运开、周翰光主编）浙江教育出版社1992年版。
67.吴彤．中国古代正统史观中的“科技”,内蒙古师大学报．1990年第4期。获得香港林大芽先生在内蒙古大学设立的“中国古籍数学化研究奖”1等奖，收入古籍数学化研究论文集．内蒙古大学出版社1994年版。
68.吴彤．元、明科技政策比较．中国少数民族科技史研究．第4辑，内蒙古人民出版社1989年版。
69.吴彤．论元代科技成就与科技政策．中国少数民族科技史研究．第2辑，内蒙古人民出版社1988年版。
70.吴彤、沈小峰．相变理论与质变规律．大自然探索．1988（2）：127-134。
71.吴彤．论机械自然观的历史地位和作用．内蒙古大学学报．1987（1）：30-38．
72.吴彤．论生物学机械观的历史地位与作用．医学与哲学．1986（4）：13-16。
主要成就
1.1993年获得第四届全国高校霍英东教育基金会青年教师3等奖。
2.1994年获得内蒙古自治区有突出贡献中青年专家称号。
3.1995年获得国务院颁布的政府特殊津贴。
4.1997年．人与自然．生态·科技·文化·社会．学术专著获内蒙古自治区社会科学优秀成果2等奖。
5.1997年．吴彤．自然辩证法课程教学与研究．获得内蒙古大学优秀教学成果1等奖，获内蒙古自治区高校教学成果2等奖。
6.1998年入选内蒙古自治区321人才工程第一（30人）层次。
7.1998年获得宝钢教育基金会优秀教师奖。
8.1998年．生长的旋律--科学的自组织演化．获国家教委人文社会科学优秀成果2等奖。
9.1999年．生长的旋律--科学的自组织演化．获国家首届社会科学基金优秀成果3等奖。
10.2000年．获得教育部跨世纪人才称号。
