所谓物流系统分析就是利用科学的分析工具和方法，分析和确定系统的目的、功能、环境、费用与效益等问题，抓住系统中需要决策的若干关键问题，根据其性质和要求，在充分准确的信息基础上，确定系统目标，提出为实现目标的若干可行方案，通过模型进行仿真试验，优化分析和综合评价，最后整理出完整、正确、可行的综合资料，从而为决策提供充分依据。系统分析是一种目的、有步骤的探索过程，通过它可能找到解决问题的方法和途径。由于物流系统是一个复杂的整体，在进行物流系统规划、物流系统评价和物流系统优化过程中，都离不开物流系统分析。
物流系统分析作为一种决策的工具，其主要目的在于为决策者提供直接判断和决定最优方案的信息和资料。在进行分析的时候，要把任何研究对象均视为系统（如在分析物流系统中的运输问题时，就需要将运输设施、运输管理方法、运输资源、运输目的等综合成一个整体进行研究，即运输系统，而运输系统又是物流系统的一个子系统），以系统的整体最优化为工作目标，并力求建立数量化的目标函数；并且应用数学的基本知识和优化理论，从而使各种替代方案的比较，不仅有定性的描述，而且基本上都能以数字显示其差异。对无法计量的问题或者有关因素，则运用直觉、判断及经验加以考察和衡量。但在进行这种经验、直觉等决断时也要注意按照科学的推理步骤，力求分析均能符合逻辑的原则和事物的发展规律，而不是凭主观臆断和单纯经验。这样的物流系统分析才能使人们科学地寻找到物流系统的潜力，使之得到优化和最佳效益的体现。
