杰斐逊总统批准与国会馆有关的第一个法案即确定设置由总统任命、经由参议院批准的国会馆馆长。馆长的职责是指导图书馆的全部事务，制订图书馆管理条例和规则，任命图书馆职员，向参众两院提交年度报告。每年颁布的年度立法拨款法案都对国会图书馆有重大影响，拨款的多少决定图书馆的整体业务工作。如1896年颁布的年度立法拨款法案对国会图书馆的改革和整顿就发生重大影响，是年为版权、法律、编目、普通藏书、期刊、地图、手稿、乐谱和书画刻印艺术品等设立了单独的行政管理部门。
馆长办公室 由于国会馆隶属于国会的5个委员会，所以图书馆馆长要花大精力做好上层联络工作，在有影响的议员和各委员会之间进行游说。为此设有国会关系办公室，协调与国会的关系；发展办公室则负责处理专门事件与公共计划；总顾问办公室对执行委员会负责，目的在于考察工作、提出规划；总监察办公室可以提交不受馆长约束的报告；联络办公室负责处理公共事务。
国会研究服务部 只为国会议员及国会下属各个委员会服务，除信息咨询外，要求更加侧重政策分析与研究，并有独立的预算，行政上享有自主权。
版权局为美国版权法的执行机构，掌管各种图书资料之版权登记。
法律图书馆 收藏美国及其他各国的法律资料，并为国会提供32种不同语言的法律咨询服务。
图书馆服务部 由助理馆长领导，作为事实上的国家馆，1978年国会馆设立图书中心以加强与书业界及作者的联系；1980年设立学者委员会，加强与学术界的联系。倾听学术界专家的意见，改进对他们的服务。
美国国会图书馆隶属于立法系统--美国国会，是该系统的5个直属单位之一。有关其事务的决定权在国会参、众两院图书馆联合委员会、参、众两院的两个拨款委员会和参、众两院的两个行政委员会。年度拨款由国会参、众两院的拨款委员会根据国会图书馆馆长提交的预算来决定，因而许多有关法律都包含在国会的年度立法拨款法案中。作为国会的工具和产物，它的职责在于满足国会议员的需求，在其经费与人力允许的范围内才能向其他方面提供服务。
国会图书馆（1）与国会及各委员会经常保持联系，使其了解并利用该馆的服务设施和藏书；（2）应国会各委员会要求，对各委员会的立法建议或对总统以及行政部门向国会提出的意见进行分析、鉴定和评价；（3）在国会开会之前，为各委员会提供联邦政府计划表和本届国会的活动计划，同时向各委员会提供各种评介资料；（4）在国会开会之前，为各委员会准备并提出其所需实施的立法问题，利用国会研究服务部的资料拟订议事日程；（5）应国会议员要求，提供关于立法的目的、效果和历史的简明备忘录。其次是为联邦政府服务：主要是通过馆内阅览、参考咨询、照相复制，馆际互借等方式。
国会图书馆自1914年起，便设立了5个研究室---法律研究室，教育研究室，公共福利研究室，环境与自然科学研究室，美国政府外交、国贸与国防研究室。馆内的4000多位工作人员，不但每年都辛勤地为200多万读者与游客提供热情的服务，而且每年还选出2500本书籍来制成点字书，好让盲人读者也能享受到读书的乐趣。与此同时，它对其他生理残障者，也设有特殊装备和专人协助使用。
