1、范围不同
五险： 养老、工伤、医疗、失业和生育保险。一金，就是住房公积金。农村合作医疗只有医疗内容。农村医疗保险制度建设要处理好普遍保障与分类实施之间的关系。普遍保障是指农村社会保障的对象范围，包括所有农村社会成员及他们所需要的社会保障的各个方面。
2、对象不同
五险一金通常人单位给予劳动者保障性待遇。农村合作医疗通常针对农民或农村户口人员。目前我国农村的医疗保险，大体上有合作医疗、医疗保险、统筹解决住院费及预防保健合同等几种形式。
3、性质不同
社保属于强制性实施的，用人单位和劳动者建立劳动关系，必须购买社保；农村合作医疗属于自愿参加。社会保险的科学机理是大多数人群分摊少数人群的风险，覆盖面越大，每个保障对象遭遇风险的概率越小，补偿越稳定，这就要求农村社会保障具有普遍性。
参考资料来源：百度百科-五险一金
参考资料来源：百度百科-农村医疗保险
