1、会破坏磷化层和电泳层，这两个层面对于防止金属底材腐蚀有非常重要的作用。破坏后，普通的修补工艺是无法修补的。所以，很多经过钣金喷漆的汽车容易生锈，就是这个原因。
2、金属经过钣金修复后，表面会凹凸不平，这时一般使用一种叫做腻子的填充物来填平表面。这种腻子与金属的膨胀系数不同，时间长了会发生龟裂、凹陷等现象，影响表面的美观。
3、在汽车制造厂的涂装车间里，车漆要经过200摄氏度左右的高温将油漆烤干，这样的油漆非常的坚硬，强度很高，而修理厂最多只能做到70~80摄氏度，这样烤出来的油漆硬度与强度都不如原厂漆。
4、不论后期喷漆的手艺如何的精良，时间长了一定会出现色差，补过的漆面会比原厂漆老化更快。这是因为修补漆没有原厂漆那么优秀，喷涂的工艺、环境与原厂漆也有很大的差距。
5、大面积补漆后会对车辆的保值率产生影响，比如相同的车况下，补过漆的车子，比有轻微划痕没补漆的车子要便宜。
