FOF基金的劣势其一就是双重收费机制。由于FOF基金的管理人有两层，分别为母基金管理人及子基金管理人，自然，FOF基金向投资者收取管理费就会出现双重收费的情况。但是，投资者也需要认知，FOF基金的管理费部分是支付给母基金管理人的，他们可以避免投资者因为投资单项基金而遭受较大风险，也能帮助投资者选取更加优秀的标的，并适时作出投资建议。如果多付出千分之几的管理费能够选择到更加优秀的基金，还是较为值得的。
其二则是在牛市的时候，FOF基金的收益较股基相对要低一些。这也是无可避免的问题，毕竟FOF基金的原则是将资金分投于几只基金上，在平抑波动、分散风险的情况下追求稳健收益。因此，FOF基金在分散风险之后，也会分散一部分收益。
