首先，科尔森和恶灵骑士的秘密到底是什么?
在大结局中，神盾局一行人为了打败艾达，选择了团体合作。科尔森和恶灵骑士互换了灵魂，科尔森变成了恶灵骑士吊打艾达。
但恶灵骑士为什么愿意和科尔森做交易呢?而科尔森为什么让罗比保密呢?这其中有什么不可告人的秘密呢?有必要提一下的是，恶灵骑士需要内心有仇恨才能附身，缺少了这个条件无法进行。那就说明科尔森心中也有罪恶和仇恨，当时罗比称一点也不羡慕科尔森，不正是从侧面反映出科尔森比罗比更具有恶灵体质?
而有的网友猜测科尔森可能成为下一个恶灵骑士，所以隐瞒神盾局其他成员，等到合适的机会再说。还记得科尔森有一个很牛的车吗?这是不是编剧挖的坑呢?
值得一提的是，黛西和恶灵骑士似乎有点火花，在恶灵骑士去到另一个维度时，还拜托黛西照顾他的弟弟呢!真实铁打的黛西，流水的男友啊。
第二，在框架中的博士去哪了?
当时博士坐在海边，准备喝酒，但是刚把酒倒在酒杯里，酒杯就滑落了，这其实是博士消失了。因为框架世界关闭了，博士也随之消失。“人未尽，杯莫停”，看到这有些莫名的伤感。
第三，俄罗斯小哥去哪了?
在结局中，我们看见恶灵骑士杀死了很多俄罗斯小哥，但是本体似乎还没有消灭，这就说明俄罗斯小哥还有可能在第五季中出现的。
第四，大结局结尾处，科尔森醒来为什么在太空之中?
在大结局结尾彩蛋中，科尔森在一个太空站醒来。这令网友十分好奇，这脑洞都开到太空中了!难道是想念死去的林肯和沃德吗?
而恶灵骑士说到：“地球只是一个无限战争中的一片领土而已”，这难道不是为了结尾埋下了伏笔?有网友称，这是为了和复联3联动。
很多网友称“天剑局”要登场了。天剑局是个什么组织呢?简单来说，神盾局负责地球上的问题，而天剑局则是负责星际纠纷，其实两者的性质是一样的。
很多人认为天剑局隶属于神盾局，但实际上，两者可以不必保持口调一致。
但从另一个角度来考虑，神盾局基地已经被毁了，面目全非。而且外界已经以为神盾局是一个邪恶的组织，他们孤立无援。
这个太空站会不会是神盾局的避难大本营，有可能是福瑞局长给安排的。毕竟带走他们的一拨人不像是政府的人。而且科尔森醒来之后称“工作要开始了。”
其实还有一个可能，就是大结局埋的坑和第五季一点关系也没有，它只是吸引观众们去好奇第五季的一个噱头。毕竟《神盾局特工》的编剧脑洞已经大的上天了。
