从功能上看，负面清单与权力清单、责任清单，都旨在理顺政府和市场关系；而从指向上看，权力清单、责任清单的指向对象为政府部门，而负面清单的指向对象则为市场主体，其实质是规范市场主体的准入标准。负面清单与权力清单、责任清单的制定和推动工作必须相辅相成。
配套改革措施保证三张清单顺利推行。一是行政审批制度改革减少审批事项，确定审批流程，提高审批速度。各省行政机关职权清理效果显著，非行政许可审批事项全面清理，行政程序标准化、信息化普遍推进。二是商事制度改革推进工商注册便利化。“三证合一”、“一照一码”、“先照后证”等改革手段都已全面推开，工商登记由前置审批改为后置审批，简化市场主体登记手续，实现企业注册登记便利化。三是市场监管改革加强事中事后监管。将政府管理由事前审批更多地转为事中事后监管，通过强化市场监管行为、夯实监管信用基础、改进市场监管执法等手段，加强事中事后监管，推进法治规范的市场环境建设。四是培育社会组织推进政府职能转移。一些地方已结合本地发展实际，开始就社会组织培育开展多样化的探索和尝试。如广东省深圳市推行社会团体登记制度改革，同时实行社会组织购买公共服务资质申报，推进政府职能转化；江西省南昌市青云谱区建立社会组织孵化中心，接受孵化的社会组织积极参与社会建设和社会管理活动，分担部分政府职责。
